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用語集

by admin — last modified 2007-03-30 16:41

本サイト内で使用された専門用語や固有名詞、ジャーゴンについて簡単に解説を加えました。

Affymetrix

GeneChipを販売している会社名。販売しているGeneChipそのものの呼称としても使われている。

API

Application Program Interfaceの略称。詳細は、ウィキペディアを参照（http//ja.wikipedia.org/wiki/Application_Programming_Interface）。

Bead Array

平板ではなく微粒子（Bead）に発現している遺伝子由来cDNAを固定化し、例えば、遺伝子発現解析をする。

cDNA Array

Stanford大学のPat Brownらにより開発されたｃDNAライブラリーを利用したDNA断片を固定したアレイ。

ChIP on chip

Chromatin Immuno-Precipitation Combined with DNA chipの略称。典型的な用途は転写因子のゲノム上結合部位の同定。蛋白質(転写因子）とDNAとの複合体を蛋白質特異的な抗体で免疫沈降し、沈降したDNAをマイクロアレイ解析する。

CIBEX　http://cibex.nig.ac.jp/index.jsp

Center for Information Biology gene EXpression databaseの略称。国立遺伝学研究所が運営する遺伝子発現データベース。公的なデータ登録サイトのひとつ。欧州ではArrayExpress、米国ではNCBIのGEOである。

DAS

Distributed Annotation Systemの略称。ゲノム配列への遺伝子などの注釈付けデータを異なる情報源から入手し1画面に同時に表示することができる。

DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html

DNA Data Bank of Japanの略称。国立遺伝学研究所が運営する塩基配列の国際的な登録データバンク。欧州EBIが運営するEMBLと米国NCBIが運営するGenBankの両データベースとデータや情報を交換する事により, 協調してthe International Nucleotide Sequence Data Collaboration (INSDC)を構成している三大国際塩基配列データバンクのひとつ。

Ensembl http://www.ensembl.org/

真核生物ゲノムに対する自動アノテーション（遺伝子など注釈付け）を提供するためのソフトウエア開発のプロジェクト。EBIが成果をゲノムブラウザーおよびftpファイルで公開している。

EST

Expressed Sequence Tagの略称。cDNAクローンを末端から一度きりシーケンスしてできるcDNAの部分的配列。遺伝子のゲノム上の位置の決定や遺伝子発現状況を調べることに利用されている。

GeneChip

Affimetrix社が開発したDNAチップの呼称。基板上でオリゴヌクレオチドを合成しており、高密度のDNAが固定されている。

GEO　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

Gene Expression Omnibusの略称。米国NCBIが運営している遺伝子発現データのバンク。マイクロアレイデータ/molecular abundanceの登録データベース。ゲノムタイリングアレイによるゲノム変化の比較データなども増えつつある。

HapMap http://www.hapmap.org/

国際ハプロタイプ地図作成プロジェクトにより作成されたヒトゲノムにおけるDNA多型（SNP)のパターン（ハプロタイプ）データを公開している。

HTML

HyperText Markup Languageの略称。Web用の情報を記述する言語で、テキストに決められたタグを埋め込むことで、文章をWeb上で表示する際に修飾したり、構造を指示したりできる言語。

iAFLP

introduced Amplified Fragment Length Polymorphism の略称。遺伝子発現量を定量する方法の一つ。cDNAのポリA末端にAFLP（増幅断片長多型）を導入し、ｃDNA量を測定する。

INSDC http://www.insdc.org/

国際塩基配列データベース（the International Nucleotide Sequence Database Collaboration）。国立遺伝学研究所が運営するDDBJと欧州EBIが運営するEMBLと米国NCBIが運営するGenBankとのデータ交換により構築されているDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データバンク。

INSDC division

国際塩基配列データベース（INSDC)の取り決めにおける塩基配列の分類。生物分類（例えば、霊長類、植物など比較的大きな分類）とESTやGSSのような実験手法、特許由来（PAT)のような折衷分類。DDBJの場合は20種類。1レコードに１つ付与される。

InterPro http://www.ebi.ac.uk/interpro/

EBI(欧州バイオインフォマティクス研究所)で提供している蛋白質ファミリー、ドメイン、機能部位のデータベース。JSTツールリンク集の説明参照

KEGG http://www.genome.jp/kegg/

Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomesの略称。ゲノムの情報から生命システムの働きと有用性を解読する生命システム情報統合データベース。いくつかのデータベースから構成されているが代謝経路を中心としたPathwayデータベースが有名。

KWIC

KeyWord In Contextの略称。文書中のキーワードに加え、前後の文脈を含め示すこと。どのような文脈でキーワードが存在したか理解可能となる。

MPSS

Massively Parallel Signature Sequencingの略称。polyAよりのGATCから下流17塩基の特定領域の塩基配列を読み、その配列から遺伝子を推定し頻度から発現量を調べる手法。

Oligo Array

合成したオリゴヌクレオチドを固定したアレイ。多くの製品が提供されている。

PDBJ　http://www.pdbj.org/index_j.html

Protein Data Bank Japanの略称。大阪大学蛋白質研究所が運営する蛋白質構造データバンク(PDBj)。内容は蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造。PDBjは、米国・構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、欧州分子生物学研究所(EMBL)の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)－高分子構造データベース(MSD-EBI)とwwPDBを設立して、データベースの運営を行っています。三極の機関では、データの登録・処理・提供の責任を共有することを合意しています。

PML http://www.openpml.org/

Polymorphism Markup Languageの略称。SNP（一塩基多型）データ取扱に関する標準化を目指したXMLベースの言語形式。

Protein Array

ガラス基板上に多数の蛋白質を固定したアレイ。蛋白質－蛋白質相互作用を測定するなどに利用されている。

PubMed http://www.pubmed.gov/

米国立医学図書館（NLM）傘下のNCBIにより開発されたEntrezの一部として提供されているMEDLINEを主体とした無料の医学文献情報データベース。MEDLINEに加え、索引前の記事、総合科学雑誌中のライフサイエンス記事などを追加して提供している。詳細http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/pubmed.html

RefSeq http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/

Reference Sequence(RefSeq)は、主要な生物のゲノムDNA,転写物RNA,蛋白質を含む配列データを完全で、統合された、重複のないセットとしてNCBIから提供されている配列データ。

RT-PCR

RNAを鋳型に逆転写酵素（RT:reverse transcriptase)でDNAを合成し、PCR（Polymerase Chain Reaction)を行うこと。DNA分子が何十万倍にも増幅する。

SAGE-NCBI　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SAGE/

Serial Analysis of Gene Expression tag to Gene Mappingの略称。SAGE法による発現解析データベース。発現された遺伝子に対応する短い配列のタグを単離し分析する。細胞や組織の機能に特徴的な遺伝子発現パターンを迅速に定量定性分析できる手法と言われていた。

SNP

Single Nucleotide Polymorphismの略称。スニップと発音する。一塩基多型。ひとつの塩基が他の塩基に置き換わっている多型。ヒトゲノムでは約1000万箇所以上のSNPが報告されている。

Tiling Array

タイリングアレイ。広範囲なゲノム配列を調べられるようにゲノム全領域に亘る特異性が高い25-60塩基のオリゴヌクレオチドを設計それを固定したアレイ。

UniProtKB (EBI, PIR, SIB）http://www.ebi.ac.uk/uniprot/

Universal Protein Resouceの略称。蛋白質アミノ酸配列データベースであるSwiss-Prot、TrEMBL、PIRを統合しアミノ酸配列と機能の中心データベース。

Voxel モデル

３次元の構造物の情報を細かい立方体の集まりの情報の集合として形作ったモデル。　Voxel とは画像における画素(pixel)に対応する概念

WEBブラウザー：Internet　ExplorerとFireFox

インターネット閲覧ソフト。Netscape Navigatorが老舗だが、Microsoft Internet Exploreが広く利用されている。MAC OS用Safariもある。Mozilla 社のFirefox はオープンソースのソフトウェアです。つまり、ライセンスの条件に従えば、誰もが無償でこのブラウザをダウンロードして使ったり、ソースコードを閲覧、改変する権利を持っているのです。しかもOSを選びません。

Wiki

Webブラウザからページの作成、編集、リンク作成が誰でもできるWebコンテンツ管理システム。

wwPDB　http://www.wwpdb.org/

Worldwide Protein Data Bankの略称。日本は大阪大学蛋白質研究所が、米国は構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、欧州は欧州分子生物学研究所(EMBL)の欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI)－高分子構造データベース(MSD-EBI)とwwPDBを設立して、データベースの運営を行っている。2003年7月1日に三極の機関では、データの登録・処理・提供の責任を共有することを合意している。2006年から米国のBMRB（BioMagResBank　http://bmrbdep.protein.osaka-u.ac.jp/index.html）が参加している。

XML

eXtensible Markup Languageの略称。情報を記述する言語。テキストを囲んで記述する際のタグを自由に定義できる。XML文書はデータを記述するが、このXML文書の変換や表示規則の記述はXSLTで、メタデータの記述はXML Schemaのように独立に体系化されている。情報の再利用や互換性に優れた技術体系。

XPath

XSLT(eXtensible Stylesheet Language Transformations)でXML文書を変換、抽出、表示する際に、xPathという規格（記述方式）で要素(タグ）または属性までの経路（パス）を示すことで実行する。

遺伝子発現プロファイル

生体内での遺伝子の活動量。DNAチップやアレイにより容易にデータ収集できるようになった。

ウェット

ここでは、ライフサイエンス研究の中で試料や検体（生物材料）を使用して行う研究をコンピュータのみを利用して研究する「ドライ」研究と対比させてた場合の総称。

オープンソース

ソースコード（プログラマーによって書かれたプログラム言語記述自体）を公開することで誰でもが容易に改変可能にしたソフトウエア

オントロジー

哲学用語では存在論。人工知能やデータベース等の情報処理では、概念や語彙等を体系化し推論機構として利用する。

科学技術振興機構 http://www.jst.go.jp/

文部科学省傘下の独立行政法人。前身の法人は50年来の我が国の科学技術情報流通機関であり、研究開発資金の配布機関である。

科学技術連携施策群 http://www.jst.go.jp/renkei/

平成16年7月に総合科学技術会議において、各府省の縦割り施策に横串を通す観点から、国家的・社会的に重要であって関係府省の連携の下に推進すべきテーマを定め、関連施策等の不必要な重複を排除し連携を強化して積極的に推進することが決定された。このため、平成17年度以降科学技術振興調整費のプログラムとして「科学技術連携施策群の効果的・効率的な推進」が実施されている。

科研費の機関コード List

科学研究費補助金にかかる機関番号。別に国際交流事業への申請時の所属機関のコードもある。

キュレーター

DB統合や維持管理のために必要な人材としてのキュレーターは論文の内容を理解して情報抽出整理し定型化した表現に変換してDB構築を支援する学芸員と定義している。

国別コードトップレベルドメイン(ccTLD)List

インターネット上で使用されるドメイン名において、末尾に配置される「.com」「.jp」などのうち、国別に定義された文字列のこと。

個別化医療

personalized medicine。患者個人の体質や病気の特徴に合わせた治療を行うこと。遺伝子診断や多型を調べ、重篤な副作用の発現を避ける治療などが例です。

ジェノタイピング

SNP（一塩基多型）の遺伝子型（genotype)は、通常２種類でAあるいはBとすると、１個体に染色体は２対存在し、それぞれAA、BBのホモの場合とABのヘテロの場合がある。これらを決定すること。

シソーラス

シソーラスは言葉の概念の関係をまとめており、類語辞書と言える。情報検索では概念を上下関係、同義関係、類似関係でまとめており、検索の効率化に利用されている。