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IV. 分子データベース整理統合

by admin last modified 2007-09-27 10:21

本プロジェクトおよび関連プロジェクトで開発した統合技術およびリソースを用いて未整理のデータを統合したいわゆる統合データベースです。 情報が安定した分野についてはこれからもこのような物理統合を進めてゆく考えです。

1. ヒト遺伝子発現統合

bodymap_i01a.jpg

ヒト遺伝子の解剖学的な発現パターンデータの統合サイトです。 5 種類の発現データ (iAFLP, GeneChip, EST, NCBI SAGEmapによるタグマップ, SAGE-大久保研独自タグマップ) を与えており、これらのデータを比較して食い違いがあればその原因を探索できるよう設計されています。

遺伝子の発現パターンは以下のような生物学的な分類に応じて表示することが可能です。
1. 似た発現パターンをしめす遺伝子
2. 染色体上で隣接している遺伝子
3.InterProで同じ遺伝子ファミリーに分類される遺伝子

組織情報はすべて●動植物解剖学自動分類タガーで処理し整理分類しており、これにより異なるプロジェクトから得られた発現データ間の比較が可能になっております。遺伝子名称シソーラスが検索部分に、3Dアナトモグラフィーが表示部分に使われています。
ヒト遺伝子発現の標準データ作成の第一歩です。


2. 植物ESTボディーマップ

bodymap_plant.jpg

植物ボディーマップは、植物の各臓器、組織における遺伝子の発現量をESTを使って推定したデータベースであり、動物のボディーマップ(BodyMap-Xs : http://bodymap.jp)を補間するデータを提供しています。植物解剖用語の自動分類プログラムを用いて2772の植物ライブラリをカテゴリー分類し、カテゴリー別遺伝子別にINSDCに登録されているESTの数を数えた結果です。


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