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II-1. 辞書シソーラス

by admin last modified 2008-03-07 00:57

異なるグループのデータを統合したり、自分なりに情報を整理したいときに必ず必要な辞書やシソーラス(多少階層のついた同義語辞書)をつくります。 作成は手作業を基本に地道にバージョン更新を重ねてゆきます。全ての辞書はダウンロード利用可能です。


1. 遺伝子名称シソーラス

検索やDB統合の混乱の主因は同義語の流通です。同義語辞書の使用や配布で統合利用時の混乱を防止せねばなりません。 さまざまなデータベースや論文で利用されている表記を専門的キュレータが編集して、遺伝子が持つ多様な表記のあいだの関係を明かにした遺伝子名シソーラスを提供しています。
Ver1.0 はヒトをはじめ9種類の生物をカバーしています。 現在利用可能な最高の遺伝子名称辞書です。

遺伝子名称シソーラスの内容: (ダウンロード : dictionary.zip )
gene_dict.jpg

第1カラム : SWISS-PROTのID
第2カラム : EntrezGeneのID
第3カラム : 上記以外のDBのID
第4カラム以降: 遺伝子名称


2. 生物学名日本語一般名対応辞書

DBでは正確を期しラテン学名表記を基本としていますが利用者のほとんどは学名になじみがありません。塩基配列登録の多いものから順に学名:日本語一般名(標準和名が存在しない場合、その生物を説明する一般的な名称)を対応させた日本語生物種辞書です。登録データ数は合計16288種となっています。主要な73種類についてはさらに認識を容易にするアイコンも付与しました。(2008年3月現在) 学協会の定める学術用語集の利用が許諾されれば融合を行います。

生物学名 日本語一般名対応辞書の内容: (ダウンロード : taxonomy_jp_dic.2008-03-07.zip ) taxonomy_jp_dic.jpg

主要生物73種のアイコンセット: ダウンロード : taxonomy_icons.zip (32x24), taxonomy_bigicons.zip (120x90)

Bos_taurus.org.png
Danio_rerio.org.png
Ciona_intestinalis.org.png
Drosophila_melanogaster.org.png
Hydra_magnipapillata.org.png
Bos taurus
Danio rerio
Ciona intestinalis
Drosophila melanogaster
Hydra magnipapillata
Creative Commons License
主要生物73種のアイコンセットは、 クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされています。




3. 施設名称辞書

学会要旨DB化でまず行き当たったのが施設名称研究室名称の表記ゆれです(大阪大、阪大、大阪大学大学院など)。同一の研究室の同一テーマを一塊として把握し国内の研究動向の把握を容易にすることは望まれるサービスの提供に欠かせません。

施設名称辞書の内容 (ダウンロード : institute_dictionary-v0.1r3.txt.zip)

institute_dict.jpg

第1カラム: 標準化名称
第2カラム: 標準化英語名称
第3カラム: 科研費の機関コード
第4カラム: エリアス(エリアスが無いものは標準化名称を記載)



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