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II-2. オントロジー、分類機

by admin last modified 2009-04-09 14:45


1. 動植物解剖学自動分類タガー

動植物解剖学自動分類タガーは、解剖学用語、すなわち臓器・器官・部位の名称をカテゴリー分類するプログラムです。

2. 都市名国名自動検出タガー

論文やDBレコードの国別分類のための辞書です。かならずしも国名称を記載しなかったり、国名称にみられる表記ゆれを吸収します。


3.解剖学3Dポリゴンマン辞書


2009年4月現在、BodyParts3Dとして公開しています。以下のサイトをご覧ください。
http://lifesciencedb.jp/ag/bp3d/

解剖学用語、すなわち臓器・器官・部位の名称やそれらをくくる概念をモデル人間中の3次元座標で定義したユニークな辞書です。ポリゴンマン内の空間関係で用語関係を表現すると、ツリー型表現(いわゆる解剖オントロジー)と違い、多角的に破綻しない表現が可能です。 ライフサイエンス辞書(京都大学)の英日対応解剖学用語のうち、PubMedアブストラクトでの出現の多い用語を中心に定義してゆきます。 2007年2月時点で約130語の定義が終わりました。

ポリゴンマンの各臓器・器官の空間座標は、数値人体モデルデータベース(独立行政法人情報通信研究機構が、北里大学、慶應義塾大学及び東京都立大学と共同開発した電磁波影響計算のためのVoxelモデルファントム、分類組織数約50)を基盤に、位置関係や形態を大きく損なうことなく人体解剖模型・図譜等を参考に詳細部分を書き加えました。形態や関係は概念的正確を期していますが定量的正確さは犠牲にしています。また肉付きや顔貌は創作によるものです。 今後用語数を増やし詳細化を進める計画です。 利用環境が限定されるデータですのでダウンロードの形ではなく利用者の方が自前のデータを貼り付けたり、入力したり、共有したりできるようにアナトモグラフィー(下)を開発中です。


4.3DアナトモグラフィーAPI


2009年4月現在、Anatomographyとして公開しています。以下のサイトをご覧ください。
http://lifesciencedb.jp/ag/

アナトモグラフィー(anatomography)は、anatomy(解剖学)と接尾語-graphy(画法)を組み合わせた新造語です。ユーザは解剖学用語が付与された手持ちのデータ(例:器官別の発現解析データ、疾患別症状分布など)を解剖学3Dポリゴンマン辞書にマッピングして俯瞰できます。膨大かつ詳細な”体に関する情報”どうしの関係を理解する際にgoogle earthのように真価を発揮すると期待し開発しています。マッピング結果は、静止画像もしくは動画で得られます。webサービスとして提供しますので、プログラムから利用できます(2007年4月中旬頃提供予定)。


5. ベンチメソッドオントロジー

日々増加するデータベース。そこに登録される情報のほとんどはウェットの実験によって生み出されるものです。実験結果そのものでもあるデータベースを理解するためには、実験の目的、材料、手法や条件を理解せねばなりません。しかし最近では手法そのものが高度化、結果も膨大で解釈が難解になりつつあります。そこで本プロジェクトではベンチとデータベースを結ぶために、実験手法の整理を辞書とオントロジーによって行い、データベースや論文を実験手法と目的から分類することに着手しました。今年度は核酸に関する実験手法を収集しその分類を行いました。得られた成果は、統合DB実験ポータルとして、Webサイト情報、実験名辞典、検索サービスなどを提供していく予定です。


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