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生物学辞書の構築 (Building Dictionary for Life Science)
 
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外部機関のデータとの対応

外部機関（Species2000, NCBI Taxonomy, MeSH）のデータと生物学名辞書の対応

学名（ラテン語）を基に外部機関のデータとの対応付けを行いました。

学名は正式なものかシノニムであるかは問わず、全てを使いました。（書籍に記載されている学名は、出版時点で正式であっても、現時点でシノニムになっている可能性があるため。）

生物名辞書では、オリジナルの学名表記とは別に、二名法の表現に変換して保存しているカラムがあるので、それを使用した。

Species2000

  • 生物名辞書の主要な収集作業が2008-2009年に行われているため、それに合わせて2009年度版を使用。
  • 学名がgenus, species, infraspeciesなど、細かく分けて保存されているので、これらを連結し、二名法の表現を作成。これと生物名辞書の二名法の表現と比較し、厳密に一致するものをマッチしたとみなした。
  • Species2000から作成した二名法の表現をクエリとして使用し、生物名辞書のRDBを検索した。
  • 学名数においてはSpecies2000のほうが32倍多い。（ 55,759 vs 1,809,400 ）
  • Species2000が持っている学名のうち、生物名辞書の学名と一致するものは 33,415件
  • Species2000の学名の分布はAnimaliaが67.70%, Plantaeが23.83%, Fungiが6.49% 残りはBacteria, Chromista, Protozoa, Viruses, Archaea
  • Species2000における一致率は 1.85 % ( 33,415 / 1,809,400 )

 

    AnimaliaのClass TOP10のカバー率

    Kingdom Phylum Class 一致数
    （シノニムを含む）    		 全件数
    （シノニムを含む）    		 カバー率(%)
    （シノニムを含む）    		 一致数
    （シノニムを除く）    		 全件数
    （シノニムを除く）    		 カバー率(%)
    （シノニムを除く）    		 備考
    Animalia Arthropoda Insecta 4,389 881,419 0.50 4,236 696,263 0.61 昆虫綱
    Animalia Chordata Actinopterygii 4,221 77,284 5.46 3,486 30,018 11.61 条鰭綱(魚)
    Animalia Arthropoda Arachnida 120 60,410 0.20 117 57,378 0.20 クモ綱
    Animalia Chordata Reptilia 140 33,092 0.42 105 13,132 0.80 爬虫綱
    Animalia Chordata Aves 8,072 22,768 35.45 7,676 21,397 35.87 鳥綱
    Animalia Arthropoda Malacostraca 313 22,116 1.42 286 20,141 1.42 軟甲綱(エビ)
    Animalia Arthropoda Diplopoda 21 15,295 0.14 17 10,584 0.16 ヤスデ綱
    Animalia Porifera Demospongiae 49 13,169 0.37 36 7,104 0.51 普通海綿綱
    Animalia Mollusca Gastropoda 226 9,917 2.28 225 8,902 2.53 腹足綱(軟体動物)
    Animalia Chordata Mammalia 3,646 7,974 45.72 3,523 7,244 48.63 哺乳綱

     

    PlantaeのClass TOP5のカバー率

    Kingdom Phylum Class 一致数
    （シノニムを含む）    		 全件数
    （シノニムを含む）    		 カバー率(%)
    （シノニムを含む）    		 一致数
    （シノニムを除く）    		 全件数
    （シノニムを除く）    		 カバー率(%)
    （シノニムを除く）    		 備考
    Plantae Magnoliophyta Magnoliopsida 1,269 187,000 0.68 1,122 100,221 1.12 双子葉植物綱
    Plantae Magnoliophyta Liliopsida 910 164,037 0.55 715 65,380 1.09 単子葉植物綱
    Plantae Rhodophyta Florideophyceae 94 13,504 0.70 66 6,840 0.96 真正紅藻綱
    Plantae Bryophyta Bryopsida 58 12,904 0.45 58 12,904 0.45 蘚綱
    Plantae Pinophyta Pinopsida 46 3,993 1.15 40 933 4.29 マツ綱

 

 

  • 生物名辞書における一致率は 59.93 % ( 33,415 / 55,759 )
  • Species2000にも日本語名が（読みがローマ字表記で）収録されているが 4,640件しかない。
  • 生物名辞書に収録されている日本語名は 57,929件
  • Species2000の学名のうち、日本語名との対応がとれるものは 18,324 件で、 98%以上が魚類（条鰭綱：16,747件、板鰓亜綱：1,249件）で占められている。
    (実際の日本語収録数4,640件と比べて大幅に増えているのは、日本語が種に対する名称ではなく、　グループに対する名称のものを含んでいるため。)
  • 生物名辞書の学名のうち、日本語名との対応がとれるものは 55,245 件
  • Species2000で、学名対する日本語が存在しているが、　その学名が生物名辞書には無いものの日本語の数は 1,266件　その分布は96%以上が魚類（条鰭綱：1,111件、板鰓亜綱：114件）で占められている。

 

NCBI Taxonomy

  • 生物名辞書の二名法の表現をクエリとして使用し、NCBI Taxonomyのダンプファイルから作成したRDBを検索した。
  • NCBI Taxonomyのダンプファイルは2010/05/27にダウンロードしたものを使用。
  • names.dmpで、"name class" が "scientific name" または "synonym" となっているものを採用。
  • 学名の表現の揺らぎが大きいため、厳密に一致が取れないものについては、SQLのLIKEで"%[genus]%[spieces](%[subspieces])%"といった条件で1件に限定できる場合のみマッチしたとみなした。
  • 学名数においてはNCBI Taxonomyのほうが13倍多い。（ 55,759 vs 734,020 ）
  • NCBI Taxonomyが持っている学名のうち、生物名辞書の学名と一致するものは 25,641件
  • NCBI Taxonomyの学名の分布はEukaryota/Metazoaが29.20%, Bacteriaが24.76%, Eukaryota/Viridiplantaeが22.87%, Eukaryota/Fungiが8.57% 残りはEukaryota, Archaea, どこにも属していないもの
  • NCBI Taxonomyにおける一致率は 3.49 % ( 25,641 / 734,020 )

 

    Eukaryota/MetazoaのClass TOP7のカバー率

    Superkingdom Kingdom Phylum Class 一致数
    （シノニムを含む）    		 全件数
    （シノニムを含む）    		 カバー率(%)
    （シノニムを含む）    		 一致数
    （シノニムを除く）    		 全件数
    （シノニムを除く）    		 カバー率(%)
    （シノニムを除く）    		 備考
    Eukaryota Metazoa Arthropoda Insecta 1,845 90,252 2.04 1,794 71,060 2.52 昆虫綱
    Eukaryota Metazoa Chordata Actinopterygii 1,979 25,816 7.67 1,834 16,421 11.17 条鰭綱(魚)
    Eukaryota Metazoa Chordata Aves 5,569 12,313 45.23 5,337 11,317 47.16 鳥綱
    Eukaryota Metazoa Chordata Amphibia 69 10,315 0.67 60 5,281 1.14 両生綱
    Eukaryota Metazoa Mollusca Gastropoda 650 9,391 6.92 628 8,555 7.34 腹足綱(軟体動物)
    Eukaryota Metazoa Arthropoda Arachnida 76 8,734 0.87 68 6,768 1.00 クモ綱
    Eukaryota Metazoa Chordata Mammalia 2,848 8,521 33.42 2,621 7,322 35.80 哺乳綱

 

    BacteriaのClass TOP5のカバー率

    Superkingdom Kingdom Phylum Class 一致数
    （シノニムを含む）    		 全件数
    （シノニムを含む）    		 カバー率(%)
    （シノニムを含む）    		 一致数
    （シノニムを除く）    		 全件数
    （シノニムを除く）    		 カバー率(%)
    （シノニムを除く）    		 備考
    Bacteria   Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,060 42,393 2.50 1,008 38,532 2.62  
    Bacteria   Actinobacteria Actinobacteria (class) 1,734 31,257 5.55 1,644 26,162 6.28  
    Bacteria   Proteobacteria Alphaproteobacteria 632 21,953 2.88 589 19,710 2.99  
    Bacteria   Firmicutes Bacilli 773 21,294 3.63 726 19,303 3.76  
    Bacteria   Proteobacteria Betaproteobacteria 318 10,538 3.02 307 9,280 3.31  

 

    Eukaryota/ViridiplantaeのClass TOP5のカバー率

    Superkingdom Kingdom Phylum Class 一致数
    （シノニムを含む）    		 全件数
    （シノニムを含む）    		 カバー率(%)
    （シノニムを含む）    		 一致数
    （シノニムを除く）    		 全件数
    （シノニムを除く）    		 カバー率(%)
    （シノニムを除く）    		 備考
    Eukaryota Viridiplantae Streptophyta   2,102 113,105 1.86 1,896 73,677 2.57  
    Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Liliopsida 686 33,446 2.05 640 21,259 3.01  単子葉植物綱
    Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Polypodiopsida 424 5,539 7.65 373 3,156 11.82  シダ綱
    Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Bryopsida 41 4,773 0.86 38 3,427 1.11  蘚綱
    Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Jungermanniopsida 5 2,326 0.21 5 1,473 0.34  ウロコゴケ綱

 

    Eukaryota/FungiのClass TOP3のカバー率

    Superkingdom Kingdom Phylum Class 一致数
    （シノニムを含む）    		 全件数
    （シノニムを含む）    		 カバー率(%)
    （シノニムを含む）    		 一致数
    （シノニムを除く）    		 全件数
    （シノニムを除く）    		 カバー率(%)
    （シノニムを除く）    		 備考
    Eukaryota Fungi Basidiomycota Agaricomycetes 72 14,149 0.51 65 13,169 0.49  
    Eukaryota Fungi Ascomycota Sordariomycetes 16 11,866 0.13 11 11,059 0.10  
    Eukaryota Fungi Ascomycota Dothideomycetes 6 5,994 0.10 6 5,381 0.11  

 

  • 生物名辞書における一致率は 45.99 % ( 25,641 / 55,759 )

 

MeSH

  • 構造の概略
    • DescriptorRecord
      • DescriptorName
      • Concept
        • ConceptName
        • SemanticType
        • Term
  • SemanticTypeが生物関係、具体的には
    • Alga
    • Amphibian
    • Archaeon
    • Bacterium
    • Fish
    • Fungus
    • Invertebrate
    • Mammal
    • Plant
    • Rickettsia or Chlamydia
    • Virus
    であるConceptのConceptNameを対象とした。
  • 学名以外の一般名称も同じ場所にあるため、結果には除去しきれなかった学名以外も混入している。
  • 学名と一般名称を区別するために使用した正規表現は、"^[A-Z][a-z]*( \\([A-Z][a-z]*\\))? [a-z\\-]+( (subsp\\. )?[a-z\\-]+)?( .*)?$"
  • ウィルスの学名は、上記の正規表現とは異なるため、SemanticTypeがVirusで、以下のフレーズを含む場合、無条件で学名とみなしている。
    • virus
    • viroid
    • phage

 

SemanticType 一致数 全件数 カバー率(%) 学名の分布 備考
All 677 2,600 26.04    
Alga 1 18 5.56 0.69 藻類
Alga, Invertebrate 0 2 0.00 0.08 藻類, 無脊椎
Amphibian 2 16 12.50 0.62 両生類
Archaeon 10 12 83.33 0.46 古細菌
Bacterium 337 463 72.79 17.81 バクテリア
Fish 6 44 13.64 1.69 魚類
Fungus 23 56 41.07 2.15 真菌
Invertebrate 75 195 38.46 7.50 無脊椎
Mammal 40 242 16.53 9.31 哺乳類
Plant 158 650 24.31 25.00 植物
Rickettsia or Chlamydia 23 23 100.00 0.88 リケッチア・クラミジア
Virus 2 879 0.23 33.81 ウィルス

 

  • Species2000, NCBI Taxonomyと違って、微生物の比率が多い。
  • ウィルスの学名は表現が多様なため、一致数が少ない。

 

Species2000 vs NCBI Taxonomy

Species2000, NCBI Taxonomy, 生物名辞書の重なり合いのベン図を完成させるために調査した。

  • Species2000から作成した二名法の表現をクエリとして使用し、NCBI Taxonomyのダンプファイルから作成したRDBを検索した。
  • Species2000における一致率は 7.97 % ( 144,196 / 1,809,400 )
  • NCBI Taxonomyにおける一致率は 19.64 % ( 144,196 / 734,020 )

この一致率の低さはなぜだろう？

 

重なり合い

シノニムを含む全ての学名 生物種ごと
生物名辞書と外部機関の重なり合い 生物名辞書と外部機関の重なり合い（種）

下線の付いていない数字は、結果の数字から算出したもの。

 

Speices2000に一致した生物名辞書の学名のうち、NCBI Taxonomyにも一致したもの

Kingdom 一致数 全件数 一致数率(%)
Animalia 12,281 23,097 53.17
Archaea 257 261 98.47
Bacteria 6,099 6,356 95.96
Chromista 57 65 87.69
Fungi 448 664 67.47
Plantae 1,993 2,779 71.72
Protozoa 103 188 54.79
All 21,238 33,410 63.57

 

NCBI Taxonomyに一致した生物名辞書の学名のうち、Speices2000にも一致したもの

Superkingdom Kingdom 一致数 全件数 一致数率(%)
Archaea 257 259 99.23
Bacteria 6,117 6,157 99.35
Eukaryota Fungi 448 586 76.45
Eukaryota Metazoa 12,256 14,812 82.74
Eukaryota Viridiplantae 1,931 3,446 56.04
Eukaryota 225 370 60.81
4 4 100.00
All 21,238 25,634 82.85

 

Species2000, NCBI Taxonomyのどちらにも含まれないものの内訳　注）荒い調査です

title distributor ミスヒット数 情報源の学名数 ミスヒット率(%) 出版年 原版出版年
日本産魚類の追加種リスト 日本魚類学会 22 209 10.53 2009 2009
新牧野日本植物圖鑑 北隆館 2,294 6,636 34.57 2008 1940
新訂 原色昆虫大圖鑑 第 III 巻 (トンボ目・カワゲラ目・バッタ目・カメムシ目・ハエ目 他) 北隆館 1,318 3,783 34.84 2008 1965
暫定新寄生虫和名表 日本寄生虫学会 130 980 13.27 2008 1994
日本産爬虫両生類標準和名 日本爬虫両棲類学会 16 296 5.41 2008 2002
シノニム・学名の変更 日本魚類学会 13 104 12.50 2008 2008
新訂 原色昆虫大圖鑑 第 II 巻 (甲虫 篇) 北隆館 2,935 4,473 65.62 2007 1963
新訂 原色昆虫大圖鑑 第 I 巻 (蝶・蛾 篇) 北隆館 924 2,888 31.99 2007 1959
微生物学用語集 英和・和英, III. 動物ウイルス名 南山堂 128 128 100.00 ※1 2007 1973
日本産魚類の差別的標準和名の改名最終勧告 日本魚類学会 19 86 22.09 2007 2007
微生物学用語集 英和・和英, II. 真菌名 南山堂 8 30 26.67 2007 1973
微生物学用語集 英和・和英, I. 細菌名 南山堂 7 6,790 0.10 2007 1973
日本の野生植物 シダ 平凡社 980 1,896 51.69 2006 1992
世界哺乳類和名辞典 (オンデマンド版) 平凡社 766 5,790 13.23 2005 1998
チェックリスト (和名順) 日本地衣学会 361 1,401 25.77 2005 2004
New Taxa Proposed in VENUS Volume 64 (2005) 日本貝類学会 8 9 88.89 2005 2005
復刻版 新日本動物圖鑑〔中〕 北隆館 1,305 2,687 48.57 2004 1965
復刻版 新日本動物圖鑑〔上〕 北隆館 1,083 2,272 47.67 2004 1965
復刻版 新日本動物圖鑑〔下〕 北隆館 476 2,639 18.04 2004 1965
植物寄生線虫の和名の改訂 日本線虫学会 20 33 60.61 2004 2004
日本近海産貝類図鑑 東海大学出版会 3,740 5,142 72.73 2000 2000
日本産 魚類検索 全種の同定 第二版 東海大学出版会 71 4,451 1.60 2000 1993
世界鳥類和名辞典 大学書林 799 11,228 7.12 1993 1986
相模湾産海胆類 丸善 44 201 21.89 1986 1986
計 17,467 64,152 27.23

※1:対応付けプログラム内でのウィルス名の取り扱いを誤ったため、全てがミスヒットになっています。 

 

生物名辞書の弱い分野

Species2000とNCBI Taxonomyの両方に存在している学名が「知名度の高い学名」だと考え、生物名辞書とSpecies2000の対応付けの結果から、「知名度の高い学名」の不足具合を推測してみました。

 

不足数の多い 20 Class

Kingdom Phylum Class Spieces2000と
NCBI Taxonomyの
両方に存在 ①		 Spieces2000
での全件数 ②		 Spieces2000
における①の比率(%) ③		 生物名辞書のうち、
Spieces2000と NCBI Taxonomyの
両方に一致した数 ④		 不足数
① - ④		 カバー率(%) 備考
Plantae Magnoliophyta Magnoliopsida 23,752 187,000 12.7 993 22,759 4.18 双子葉植物綱
Animalia Arthropoda Insecta 23,770 881,419 2.7 1,091 22,679 4.59 昆虫綱
Plantae Magnoliophyta Liliopsida 14,800 164,037 9.02 567 14,233 3.83 単子葉植物綱
Animalia Chordata Actinopterygii 13,972 77,284 18.08 1,966 12,006 14.07 条鰭綱(魚)
Animalia Chordata Reptilia 5,776 33,092 17.45 78 5,698 1.35 爬虫綱
Fungi Basidiomycota Agaricomycetes 4,595 36,412 12.62 63 4,532 1.37
Animalia Chordata Amphibia 3,081 6,424 47.96 53 3,028 1.72 両生綱
Fungi Ascomycota Sordariomycetes 2,709 16,339 16.58 15 2,694 0.55
Animalia Chordata Aves 7,488 22,768 32.89 5,404 2,084 72.17 鳥綱
Plantae Bryophyta Bryopsida 2,121 12,904 16.44 47 2,074 2.22 蘚綱
Animalia Arthropoda Arachnida 1,975 60,410 3.27 40 1,935 2.03 クモ綱
Fungi Ascomycota Dothideomycetes 1,814 15,725 11.54 4 1,810 0.22
Animalia Arthropoda Malacostraca 1,843 22,116 8.33 143 1,700 7.76 軟甲綱(エビ)
Plantae Rhodophyta Florideophyceae 1,585 13,504 11.74 56 1,529 3.53 真正紅藻綱
Fungi Ascomycota Lecanoromycetes 1,649 16,717 9.86 285 1,364 17.28
Fungi Ascomycota Eurotiomycetes 1,137 4,103 27.71 47 1,090 4.13
Animalia Chordata Mammalia 3,555 7,974 44.58 2,581 974 72.60 哺乳綱
Animalia Mollusca Gastropoda 948 9,917 9.56 69 879 7.28 腹足綱(軟体動物)
Animalia Cnidaria Anthozoa 869 7,528 11.54 52 817 5.98 花虫綱（イソギンチャク・サンゴ）
Fungi Ascomycota Leotiomycetes 744 8,797 8.46 2 742 0.27

 

両方に一致した数が多い 10 Class

Kingdom Phylum Class Spieces2000と
NCBI Taxonomyの
両方に存在 ①		 Spieces2000
での全件数 ②		 Spieces2000
における①の比率(%) ③		 生物名辞書のうち、
Spieces2000と NCBI Taxonomyの
両方に一致した数 ④		 不足数
① - ④		 カバー率(%) 備考
Animalia Chordata Aves 7,488 22,768 32.89 5,404 2,084 72.17 鳥綱
Animalia Chordata Mammalia 3,555 7,974 44.58 2,581 974 72.60 哺乳綱
Animalia Chordata Actinopterygii 13,972 77,284 18.08 1,966 12,006 14.07 条鰭綱(魚)
Bacteria Actinobacteria Actinobacteria 2,142 2,197 97.5 1,736 406 81.05 放線菌綱
Animalia Arthropoda Insecta 23,770 881,419 2.7 1,091 22,679 4.59 昆虫綱
Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,320 1,393 94.76 1,051 269 79.62
Plantae Magnoliophyta Magnoliopsida 23,752 187,000 12.7 993 22,759 4.18 双子葉植物綱
Bacteria Firmicutes Bacilli 964 1,000 96.4 780 184 80.91
Bacteria Proteobacteria Alphaproteobacteria 761 807 94.3 590 171 77.53
Plantae Magnoliophyta Liliopsida 14,800 164,037 9.02 567 14,233 3.83 単子葉植物綱

 

学名不一致の原因

Spieces2000とNCBI Taxonomyのどちらにも一致しなかった学名について、その原因を探ってみました。

予想していた原因と理由は以下のとおりです。

  • スペル誤り

    • 書籍に誤字があることもありますが、書籍に記載されている学名をデジタル化する際に、膨大な人手が掛かっており、作業ミスを全てを修正することが困難なため、それが残ってしまっている可能性があります。

  • ラテン語の語尾活用違い

    • ラテン語は、単語の性別により、語尾が変化します。学名をつける際に、ラテン語ではない単語をラテン語化したときに付与した語尾の性別の違いによって完全一致しないことがあります。

  • 古すぎて流通していないシノニム

    • 書籍の記載内容は、執筆の時点で最新であったとしても、時間の経過とともに内容が古くなってしまいます。執筆の時点でさえ古い名称は、現在の名称との対応付けができないため、不一致となります。

哺乳類については、「Classification of Mammals Notions of taxonomy Mammals'Planet」（http://planet-mammiferes.org/drupal/en/node/37?taxon=1）の「List of synonym taxa」に、シノニムと現在の名称の対応表がありました。

この対応表がどれだけ信用できるものなのかはわかりませんが、他にシノニムと現在の名称を簡単に結びつけることができる表が見当たらなかったので、この対応表を使ってみることにしました。

不一致になっていた哺乳類の学名を調べると 363 / 646　件(56.19%)が現在の学名ではなく、シノニムであることがわかりました。

Spieces2000およびNCBI Taxonomyにもシノニムの名称が登録されており、対応付け作業でもシノニムを考慮していましたが、シノニムが全て登録されているわけでは無いようです。

 

サイエンスミュージアムネット(S-Net)

生物名辞書は、日英対訳に主眼を置いて収集されているので、国内に生息する生物の名称が主体になっている。

そのため、世界中の生物名称を収集している機関のデータとの対応付けでは、一致率が低くなってしまうのは当然である。

そこで、生物名辞書と同様に、日本に生息する生物名が集まっている機関として、国内の科学系博物館の情報や、自然史系の標本に関する情報を検索できるポータルサイト「サイエンスミュージアムネット」(http://science-net.kahaku.go.jp/)に注目し、生物標本の詳細情報から、生物名を集めました。

 

  • 収集したデータは、1,751,638件(2010/08/24時点)、分類に関する情報のみで重複を排除すると、602,410件、種の学名のみで重複を排除すると、74,182件。
  • 界より下の分類は付いていないものが多いため、界ごとに集計した。
  • 分類の付いているデータも、複数の分類体系が存在している。
  • どちらも学名がシノニムであるかどうかは不明なため、シノニムを除外した集計は行えない。
  • 亜種以下のタクソンは表記の揺らぎが大きいため、種レベルに切り上げて比較する。

 

Kingdom 一致数 全件数 カバー率(%)
Animalia 16,687 46,179 36.14
Chromista 30 404 7.43
Fungi 234 5,307 4.41
Plantae 4,847 21,925 22.11
Protozoa 0 367 0.00
All 21,798 74,182 29.38

 

結果を部分的に見ると、Aves　84.40% ( 1,921 / 2,276 ), Mammalia 78.20% ( 104 / 133 ), Insecta 33.24% ( 3,505 / 10,534 ) と、高めのカバー率にはなっているが、分類の付いていないデータでのカバー率が低い。

同じ「日本」に偏重している生物名の集合同士で、このカバー率は低すぎる。

 

Species2000 vs S-Net

Species2000とS-Netの学名の対応付けを行うことにより、S-NetのデータをSpecies2000の分類で集計を行ってみました。

 

  • 亜種以下のタクソンは、種レベルに切り上げています。  
  • シノニムも除外しています。

 

Species2000と生物名辞書についても、同じ条件で再度、対応付けを行ってみました。

 

絶対数の多い 30 Class

Kingdom Phylum Class 全件数 S-Net 生物名辞書

差

(① - ②)
一致数① カバー率(%) 一致数② カバー率(%)
Animalia Arthropoda Insecta 678,622 8,167 1.20 4,208 0.62 3,959
Plantae Magnoliophyta Magnoliopsida 85,188 3,041 3.57 1,104 1.30 1,937
Plantae Magnoliophyta Liliopsida 59,173 1,387 2.34 702 1.19 685
Animalia Arthropoda Arachnida 55,689 357 0.64 116 0.21 241
Animalia Chordata Actinopterygii 29,549 6,199 20.98 3,445 11.66 2,754
Animalia Arthropoda Malacostraca 19,354 762 3.94 284 1.47 478
Plantae Bryophyta Bryopsida 12,899 1,241 9.62 58 0.45 1,183
Fungi Basidiomycota Agaricomycetes 10,357 783 7.56 58 0.56 725
Animalia Chordata Aves 9,913 2,063 20.81 7,676 77.43 -5,613
Animalia Arthropoda Diplopoda 9,810 12 0.12 17 0.17 -5
Animalia Chordata Reptilia 8,761 109 1.24 83 0.95 26
Animalia Mollusca Gastropoda 8,363 287 3.43 221 2.64 66
Fungi Ascomycota Dothideomycetes 7,196 63 0.88 6 0.08 57
Animalia Porifera Demospongiae 6,890 7 0.10 37 0.54 -30
Fungi Ascomycota Sordariomycetes 6,852 109 1.59 14 0.20 95
Plantae Rhodophyta Florideophyceae 6,345 642 10.12 68 1.07 574
Plantae Bacillariophyta Bacillariophyceae 6,213 0 0.00 0 0.00 0
Animalia Cnidaria Anthozoa 5,924 105 1.77 133 2.25 -28
Animalia Chordata Amphibia 5,752 67 1.16 59 1.03 8
Animalia Arthropoda Maxillopoda 4,963 19 0.38 134 2.70 -115
Fungi Ascomycota Lecanoromycetes 4,898 652 13.31 379 7.74 273
Animalia Chordata Mammalia 4,835 277 5.73 3,454 71.44 -3,177
Animalia Cnidaria Hydrozoa 3,694 12 0.32 122 3.30 -110
Fungi Ascomycota Leotiomycetes 3,203 105 3.28 3 0.09 102
Animalia Arthropoda Chilopoda 3,142 12 0.38 13 0.41 -1
Animalia Annelida Polychaeta 2,987 70 2.34 98 3.28 -28
Animalia Arthropoda Entognatha 2,666 54 2.03 6 0.23 48
Animalia Nemata Adenophorea 2,637 0 0.00 1 0.04 -1
Bacteria Cyanobacteria Notassigned 2,626 1 0.04 4 0.15 -3
Fungi Ascomycota Notassigned 2,257 7 0.31 1 0.04 6
All     1,140,551 29,203 2.56 30,371 2.66 -1,168

 

S-NetのMammaliaは、妙に一致数が少ない気がする。

上述の「知名度の高い学名」が不足していると推測していたとおり、Insecta, Actinopterygii, Magnoliopsidaで1,000件を超える不足があるようです。

Species2000との一致数が近いことから、既存の生物名辞書の収録量は十分であると考えることもできる。

しかし、S-Netに対する生物名辞書のカバー率はかなり低いので、国内で流通している生物名の多くが、最新の名称で呼ばれていないのかもしれない。

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