DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search
version : DDBJ release 84.1 (2011-02-21)
Japanese page
Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.
全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。
(プロジェクト定義の詳細)
総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別 に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。
(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
プロジェクト検索
プロジェクトを全文検索します。
検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
レコード検索
INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、
我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。
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Keyword Search
(
Search Projects
Search Records
)
BLAST search (blastn):
Overview
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>
Country: "Japan"
Taxonomic Group
(Number of projects)
Humans
(6705)
Primates
(432)
Rodents
(6335)
Mammals
(2178)
Vertebrates
(4857)
Invertebrates
(5783)
Plants
(13340)
Bacteria
(9370)
Viruses
(3487)
Phages
(115)
SYN
(433)
ENV
(1172)
UNA
(1)
all
(53134)
Project Types
(Number of projects)
mRNAs
(1375)
functional RNAs
(4)
immune genes
(40)
olfactory
(4)
markers
(160)
exon struct.
(338)
polymorphisms
(96)
organella
(12)
EST
(84)
GSS
(9)
STS
(30)
HTC
(2)
HTG
(1)
TSA
(0)
UNA
(0)
CON
(0)
patent
(0)
all
(2178)
Mammals x all the research project type
detail >>
<< hide the details
Sequence data of mammals (other than primates or rodents)
AND
Number of entries:
546,512
Number of projects:
2,178
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Country view
Number of registered projects (quarterly)
Number of registered sequences (quarterly)
incremental
/
cumulative
List of research projects
sort by size
/
sort by date
|◀
◁
▷
▶|
Research Projects
Examples
Size
(Number of entries)
Proportion
(‰)
registration date
1
Development and characterization of microsatellite markers in Mustela Itatsi.
... more
AB588641
6
0.01
2010-09-17
2
Felis catus
(
domestic cat
) clone 1_MS4 immunoglobulin heavy chain variable region gene, partial cds.
... more
HQ248168
1
0.00
2010-09-10
3
Molecular cloning and expression analysis of feline alpha1-microglobulin
... more
AB583748
1
0.00
2010-08-28
4
Hypermethylation of the DAP-Kinase CpG Island in Dogs with B-cell Lymphoid Malignancies
... more
HQ189123
1
0.00
2010-08-27
5
Purification, Characterization, Cloning and expression of Novel Aminopeptidase T from Porcine skeletal muscle
... more
AB572586
1
0.00
2010-07-21
6
Molecular cloning and charactarization of inflammatory cytokines in African buffalo (Syncerus caffer)
... more
AB571650
4
0.01
2010-07-13
7
Molecular cloning and characterization of Th1 and Th2 cytokines of African buffalo(Syncerus caffer).
... more
AB571121
4
0.01
2010-07-06
8
Molecular cloning and expression of canine prolactin
... more
HM369390
1
0.00
2010-05-30
9
dolphinCD34 truncated cDNA
... more
AB563177
1
0.00
2010-05-25
10
Molecular cloning, expression in Escherichia coli and purification of the recombinant feline cystatin C
... more
AB562976
1
0.00
2010-05-24
11
Bos taurus
(
cattle
) Lyn,transcripts variant 2,mRNA,complete sequence
... more
AB562971
1
0.00
2010-05-24
12
Bottlenose dolphinCD34 molecule(CD34), mRNA
... more
AB561091
1
0.00
2010-05-15
13
Bovine Glycophorin
... more
AB558590
2
0.00
2010-04-29
14
High potential of a disturbance-tolerant frugivore
Paradoxurus hermaphroditus
(
common palm civet
,
toddy cat
) (Viverridae) as a seed disperser for large-seeded plants
... more
AB558506
4
0.01
2010-04-27
15
Distribution of bovine MHC class II DRB3 and DQA1genes
... more
AB558410
28
0.05
2010-04-26
16
Mitochondrial DNA polymorphisms of alien hedgehogs in Ito and Odawara, Japan (in Japanese)
... more
AB557981
4
0.01
2010-04-20
17
Sex determination of the Japanese serow (
Capricornis crispus
(
Japanese serow
,
Taiwanese serow
)) by fecal DNA analysis
... more
AB555648
2
0.00
2010-04-08
18
Variation of NTF4 in the glaucomatous dogs
... more
HM068511
1
0.00
2010-04-08
19
New BoLA-DRB3 sequence based typing
... more
AB554653
3
0.01
2010-04-07
20
Bos taurus
(
cattle
) Lyn, transcripts variant 1, mRNA, complete sequence
... more
AB553580
1
0.00
2010-04-02