DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search
version : DDBJ release 84.1 (2011-02-21)
Japanese page
Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.
全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。
(プロジェクト定義の詳細)
総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別 に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。
(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
プロジェクト検索
プロジェクトを全文検索します。
検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
レコード検索
INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、
我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。
Top
Keyword Search
(
Search Projects
Search Records
)
BLAST search (blastn):
Overview
Download
All entries
>
Country: "Sweden"
Taxonomic Group
(Number of projects)
Humans
(574)
Primates
(33)
Rodents
(403)
Mammals
(238)
Vertebrates
(388)
Invertebrates
(507)
Plants
(1255)
Bacteria
(771)
Viruses
(396)
Phages
(11)
SYN
(31)
ENV
(194)
UNA
(0)
all
(4683)
Project Types
(Number of projects)
mRNAs
(1212)
functional RNAs
(220)
immune genes
(72)
olfactory
(0)
markers
(307)
exon struct.
(2018)
polymorphisms
(615)
organella
(58)
EST
(71)
GSS
(9)
STS
(18)
HTC
(1)
HTG
(7)
TSA
(0)
UNA
(1)
CON
(2)
patent
(0)
all
(4683)
All the species x all the research project type
detail >>
<< hide the details
All the nucleotide sequence data in DNA database(DDBJ/EMBL/GenBank=INSD)
AND
Number of entries:
443,684
Number of projects:
4,683
Go to:
Country view
Cumlative number of projects
Cumulative number of sequences
Average size of projects
incremental
/
cumulative
List of research projects
sort by size
/
sort by date
|◀
◁
▷
▶|
Research Projects
Examples
Size
(Number of entries)
Proportion
(‰)
registration date
1
Paenibacillus motobuensis in a haemoculture of an elderly woman
... more
FR728383
1
0.00
2010-11-20
2
Brevundimonas terrae, an inert species and a rare finding
... more
FR728384
1
0.00
2010-11-20
3
Actinomyces oris isolated in a haemoculture of a baby
... more
FR728382
1
0.00
2010-11-20
4
Emended description of the alphaproteobacterium Enhydrobacter aerosaccus
... more
FR727223
1
0.00
2010-11-17
5
History of the type strain: E.King, CDC, Atlanta, GA, USA strain A1920 -> S.D.Henriksen, Oslo, Norway (sent by K.Boevre) -> CCUG in February 1969
... more
FR726160
1
0.00
2010-11-13
6
Ageratum conyzoides: a host to a unique begomovirus disease complex in Cameroon
... more
FR717144
1
0.00
2010-10-28
7
Establishment of ectomycorrhiza inoculated seedlings of Pinus sylvestris on coastal dunes following a forest fire
... more
HQ406808
16
0.04
2010-10-16
8
Population differentiation and reduced gene flow in Spanish crossbills: not isolation-by-geography but isolation-by-ecology
... more
HQ377552
604
1.36
2010-10-07
9
Lactic acid bacteria from different sources
... more
HQ384286
9
0.02
2010-10-06
10
New HLA DP1 variant found in an unrelated donor
... more
FR695061
1
0.00
2010-10-04
11
A Guide to the Natural History of Freshwater Lake Bacteria
... more
HQ386253
379
0.85
2010-10-01
12
Development of eleven microsatellite markers in the red-listed tree species Myristica malabarica
... more
GF102209
11
0.02
2010-09-30
13
Lampetra fluviatilis dopamine D2 receptor mRNA, partial cds.
... more
HQ331119
1
0.00
2010-09-30
14
Influenza A virus (A/Stockholm/4/2010(H3N2)) segment 4 hemagglutinin (HA) gene, partial cds.
... more
HQ315822
3
0.01
2010-09-27
15
A HIGH-DENSITY SCAN OF THE Z-CHROMOSOME IN FICEDULA FLYCATCHERS REVEALS CANDIDATE LOCI FOR DIVERSIFYING SELECTION
... more
HQ207834
3,656
8.24
2010-08-31
16
Cytochrome P450 1A, 1B, and 1C gene induction patterns in three-spined stickleback exposed to indigo and PCB 126
... more
HQ202281
4
0.01
2010-08-30
17
Picea abies MADS-domain transcription factor dal3 variant 2 (DAL3) mRNA, complete cds, alternatively spliced.
... more
HQ176521
1
0.00
2010-08-18
18
New HLA DPB1 variant
... more
FR671366
1
0.00
2010-07-30
19
Recruitment of members from the rare biosphere of marine bacterioplankton communities after environmental disturbance
... more
FR647485
842
1.90
2010-07-09
20
Diversity and dynamics of Archaea in an activated sludge wastewater treatment plant
... more
HM639782
81
0.18
2010-07-07