DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search, Top

Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.

全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
1. プロジェクト検索
  プロジェクトを全文検索します。
  検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
  検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
  AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
2. レコード検索
  INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
  検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。

Taxonomic Group
(Number of projects)

UNA
(0)

Project Types
(Number of projects)

mRNAs
(1212)

functional RNAs
(220)

olfactory
(0)

TSA
(0)

patent
(0)

All the species x the immune genes typedetail >>

Number of entries:	598
Number of projects:	72

Go to:
Country view

Cumlative number of projects

Cumulative number of sequences

Average size of projects

incremental / cumulative

List of research projects

sort by size / sort by date

|◀ ◁ ▷ ▶|

	Research Projects	Examples	Size (Number of entries)	Proportion (‰)	registration date
1	New HLA DP1 variant found in an unrelated donor ... more	FR695061	1	1.67	2010-10-04
2	New HLA DPB1 variant ... more	FR671366	1	1.67	2010-07-30
3	New HLA C*0401 variant ... more	FN907956	1	1.67	2010-06-02
4	A new HLA DPB1 variant ... more	FN820204	2	3.34	2010-04-26
5	A new HLA A*03 variant ... more	FN820206	1	1.67	2010-04-26
6	Identification of a new HLA-Cw*15 allele a with previously known sequence motif in exon 6 ... more	FN673682	1	1.67	2010-02-23
7	Evolutionary history of DLA class II haplotypes in canine diabetes mellitus through single nucleotide polymorphism genotyping ... more	GU299802	4	6.69	2009-12-10
8	RSCA-based MHC class II B typing of black grouse families ... more	GQ851943	3	5.02	2009-08-27
9	MHC and mate choice in brown trout (Salmo trutta L.) ... more	EU194589	19	31.77	2007-10-07
10	Full-length sequence analysis of the HLA-DRB1 locus suggests a recent origin of alleles ... more	AM419948	2	3.34	2006-12-14
11	A new HLA Cw*01 variant ... more	AM418559	1	1.67	2006-12-06
12	A new HLA-B*38 variant ... more	AM261745	1	1.67	2006-05-08
13	Influence of genetic dissimilarity in the reproductive success and mate choice of brown trout - females fishing for optimal MHC dissimilarity, Female brown trout fishing for optimal MHC dissimilarity ... more	DQ491027	34	56.86	2006-04-13
14	A new HLA-B variant with exons 1-2 identical to B*51 and exons 3-7 to B44 ... more	AM260212	1	1.67	2006-04-06
15	A new HLA B27 allele found in a Swedish family ... more	AM233491	1	1.67	2006-02-28
16	HLA B*0736, a HLA B7 with a Bw4 motif found in two Swedish families ... more	AM231297	1	1.67	2006-02-17
17	A new HLA B*07 variant ... more	AM182459	1	1.67	2006-01-19
18	A new B*15 variant ... more	AM075816	1	1.67	2005-08-17
19	Somatic hypermutation of the zebrafish VH genes ... more	DQ106019	3	5.02	2005-06-22
20	A new HLA A*02 variant ... more	AJ971317	3	5.02	2005-05-17