DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search, Top

Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.

全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
1. プロジェクト検索
  プロジェクトを全文検索します。
  検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
  検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
  AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
2. レコード検索
  INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
  検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。

Taxonomic Group
(Number of projects)

Invertebrates
(66880)

Project Types
(Number of projects)

mRNAs
(93)

functional RNAs
(76)

immune genes
(0)

olfactory
(0)

organella
(0)

STS
(0)

TSA
(0)

Sequences obtained via environmental sampling methods x the genome (marker) typedetail >>

Number of entries:	127,431
Number of projects:	554

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Country view

Distribution of the project size (number of entries).

List of research projects

sort by size / sort by date

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	Research Projects	Examples	Size (Number of entries)	Proportion (‰)	registration date
1	Towards the definition of a core of microorganisms involved in anaerobic digestion of sludge ... more	CU915828	12,057	94.62	2008-07-15
2	Vertical distribution of fungal communities in tallgrass prairie soil ... more	GU306179	11,179	87.73	2009-12-09
3	Human gut metagenome ... more	GQ873068	10,967	86.06	2009-09-03
4	Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core ... more	FP074904	10,456	82.05	2009-09-18
5	A comparison of random sequence reads versus 16S rDNA sequences for estimating the biodiversity of a metagenomic library ... more	EU057993	10,009	78.54	2007-07-24
6	Massively parallel 454-sequencing of Quercus spp. ectomycorrhizosphere indicates differences in fungal community composition, richness, and diversity among urban and rural environments ... more	FJ776018	8,086	63.45	2009-02-20
7	Microbial community genomics in eastern Mediterranean Sea surface waters ... more	GQ233105	7,034	55.20	2009-05-18
8	Massively parallel 454 sequencing indicates hyperdiverse fungal communities in temperate Quercus macrocarpa phyllosphere ... more	FJ756950	6,192	48.59	2009-02-17
9	Bacterial, archaeal and eukaryal community structures throughout soil horizons of harvested and naturally disturbed forest stands ... more	FJ550631	3,834	30.09	2008-12-16
10	Comparative community genomics in the Dead Sea: an increasingly extreme environment ... more	GQ444463	3,563	27.96	2009-08-03
11	454 pyrosequencing analysis of the effects of wildfire on soil fungal communities ... more	HQ124333	2,365	18.56	2010-08-10
12	Long-term warming alters soil microbial communities in Arctic tundra ... more	HQ211490	2,294	18.00	2010-08-30
13	Assessment of microbial communities by graph partitioning in a study of soil fungi in two Alpine meadows ... more	FN293398	2,082	16.34	2009-03-17
14	Fungal taxa target different carbon sources in forest soil ... more	EU805932	1,769	13.88	2008-06-06
15	Effects of host plant environment and Ustilago maydis infection on the fungal endophyte community of maize (Zea mays) ... more	EF504318	1,576	12.37	2007-03-16
16	Long-term warming of arctic tundra selects for ectomycorrhizal fungi species with greater proteolytic capacity ... more	GU997732	1,060	8.32	2010-03-12
17	Extensive genome rearrangements and multiple horizontal gene transfers in a population of pyrococcus isolates from Vulcano Island, Italy ... more	EU922594	1,011	7.93	2008-05-06
18	Global atmospheric diversity of fungi: Asco- and Basidiomycota in continental and marine air ... more	GQ999130	991	7.78	2009-09-23
19	Evaluation of HVAC filters as a sampling mechanism for microbial communities ... more	GU721174	919	7.21	2010-02-05
20	Novel predominant archaeal and bacterial groups revealed by molecular analysis of an anaerobic sludge digester ... more	CR933117	876	6.87	2005-03-31