DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search
version : DDBJ release 84.1 (2011-02-21)
Japanese page
Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.
全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。
(プロジェクト定義の詳細)
総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別 に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。
(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
プロジェクト検索
プロジェクトを全文検索します。
検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
レコード検索
INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、
我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。
Top
Keyword Search
(
Search Projects
Search Records
)
BLAST search (blastn):
Overview
Download
All entries
Taxonomic Group
(Number of projects)
Humans
(104323)
Primates
(8352)
Rodents
(66984)
Mammals
(26986)
Vertebrates
(39851)
Invertebrates
(66880)
Plants
(136953)
Bacteria
(102412)
Viruses
(45058)
Phages
(2222)
SYN
(63297)
ENV
(14072)
UNA
(60232)
all
(681043)
Project Types
(Number of projects)
mRNAs
(11977)
functional RNAs
(82)
immune genes
(646)
olfactory
(15)
markers
(3167)
exon struct.
(6032)
polymorphisms
(1394)
organella
(186)
EST
(578)
GSS
(181)
STS
(279)
HTC
(43)
HTG
(316)
TSA
(1)
UNA
(0)
CON
(62)
patent
(1676)
all
(26986)
Mammals x the gene(exon/intron) structure analysis type
detail >>
<< hide the details
Sequence data of mammals (other than primates or rodents)
AND
that of the gene(exon/intron) structure analysis type project
Number of entries:
51,616
Number of projects:
6,032
Go to:
Country view
Number of registered projects (quarterly)
Number of registered sequences (quarterly)
incremental
/
cumulative
List of research projects
sort by size
/
sort by date
|◀
◁
▷
▶|
Research Projects
Examples
Size
(Number of entries)
Proportion
(‰)
registration date
1
Developmental expression of cellular prion protein in the Opossum (
Monodelphis domestica
(
gray short-tailed opossum
)) central nervous system
... more
FR728385
1
0.02
2010-11-20
2
Polymorphism of toll-like receptor 9 (TLR9) gene in sheep
... more
HQ424578
1
0.02
2010-10-20
3
Paradoxurus hermaphroditus
(
common palm civet
,
toddy cat
) cytochrome b (cytb) gene, partial cds; mitochondrial.
... more
HQ404363
1
0.02
2010-10-14
4
Fine scale population structure and intra-species segregation of bottlenose dolphins (Tursiops aduncus) in a tropical lagoon
... more
HQ588941
1
0.02
2010-10-07
5
De novo mutation of KIT discovered as a result of a non-hereditary white coat color pattern
... more
HQ256561
1
0.02
2010-09-10
6
Sequence analysis of the prion protein gene in Bactrian camel of China
... more
HQ204566
2
0.04
2010-08-30
7
Establishment of a molecular tool for blood meal identification in Malaysia
... more
HQ288327
1
0.02
2010-08-25
8
Cetaceans on a molecular fast track to ultrasonic hearing
... more
HQ176004
5
0.10
2010-08-24
9
Pseudogenization of the Tooth Gene Enamelysin (MMP20) in the Common Ancestor of Extant Baleen Whales
... more
HQ171778
37
0.72
2010-08-23
10
Analysis of estrogen receptor alpha expression and methylation status in male growing piglets
... more
FR682141
1
0.02
2010-08-12
11
Authentication of species in meat products by genetic techniques
... more
HQ122569
31
0.60
2010-08-11
12
Genetic structure of otter (
Lutra lutra
(
Eurasian river otter
,
European river otter
), Carnivora: Mustelidae) populations from the western Baltic sea region and its implications for the recolonization of northwestern Germany
... more
HQ113947
1
0.02
2010-08-09
13
Cox-2 allelic variants and renal dysplasia in dogs
... more
HQ110882
1
0.02
2010-08-07
14
Loss of the EH1-Groucho interaction motif 1 during evolution of the FoxE1 and FoxH3 transcriptional regulators
... more
HM991738
2
0.04
2010-07-27
15
Detection of two silent mutations within exon 2 of bIGF1R
... more
HM988958
1
0.02
2010-07-25
16
Molecular cloning and polymorphism analysis of the prion protein gene in Tan sheep of Ningxia, China
... more
HM803994
1
0.02
2010-07-18
17
Haplotype analysis of ovine ADRB3: recombination between the polymorphism in the 3'UTR and the intron
... more
HM776668
6
0.12
2010-07-17
18
Bubalus bubalis
(
water buffalo
) S100A8 protein gene, complete cds.
... more
HM769858
1
0.02
2010-07-14
19
Bubalus bubalis
(
water buffalo
) S100A8 protein gene, complete cds.
... more
HM769857
1
0.02
2010-07-14
20
Bos grunniens
(
domestic yak
) S100A8 protein gene, complete cds.
... more
HM769859
1
0.02
2010-07-14