DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search, Top

Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.

全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
1. プロジェクト検索
  プロジェクトを全文検索します。
  検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
  検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
  AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
2. レコード検索
  INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
  検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。

Taxonomic Group
(Number of projects)

Invertebrates
(66880)

Project Types
(Number of projects)

mRNAs
(93)

functional RNAs
(76)

immune genes
(0)

olfactory
(0)

organella
(0)

STS
(0)

TSA
(0)

Sequences obtained via environmental sampling methods x the patent data typedetail >>

Number of entries:	603
Number of projects:	44

Go to:
the patent office view

Distribution of the project size (number of entries).

List of research projects

sort by size / sort by date

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	Research Projects	Patent number	Examples	Size (Number of entries)	Proportion (‰)	registration date
1	Process for the control of production of fine chemicals ... more	EP2199304-A	HC934867	162	268.66	2010-06-23
2	Process for the production of lutein ... more	EP2096177-A	HB877458	162	268.66	2009-09-02
3	REP sequence schA b. ... more	GB2183655-A	A14180	36	59.70	1987-06-10
4	Methanogenic microorganisms for generating biogas ... more	WO2010115424-A	HI592319	21	34.83	2010-10-14
5	Process for the production of fine chemicals ... more	EP2194140-A	HC889909	21	34.83	2010-06-09
6	Process for the production of fine chemicals ... more	EP2194140-A	HC899996	17	28.19	2010-06-09
7	Process for the production of a fine chemical ... more	WO2008034648-A	FB783917	17	28.19	2008-03-27
8	Plants with increased yield ... more	WO2009037279-A, WO2009037329-A	GN095705	15	24.88	2009-03-26
9	Characterization of novel lpxtg-containing proteins of staphylococcus epidermidis ... more	WO2007060546-A	CS721731	14	23.22	2007-05-31
10	Process for the control of production of fine chemicals ... more	EP2199304-A	HD024898	12	19.90	2010-06-23
11	Process for the control of production of fine chemicals ... more	EP2199304-A	HC924863	12	19.90	2010-06-23
12	Process for the production of lutein ... more	EP2096177-A	HB967488	12	19.90	2009-09-02
13	Process for the production of lutein ... more	EP2096177-A	HB867454	12	19.90	2009-09-02
14	Process for the production of a fine chemical ... more	EP2090662-A	HB661526	12	19.90	2009-08-19
15	Plants with increased yield ... more	WO2009037279-A, WO2009037329-A	GN105265	12	19.90	2009-03-26
16	Oligonucleotide microarray for identification of pathogens ... more	WO2008054432-A	GM709452	8	13.27	2008-05-08
17	Plants with increased yield and/or increased tolerance to environmental stress (iy-bm) ... more	WO2009077611-A	HB437475	6	9.95	2009-06-25
18	Method for obtaining nucleic acids from an environment sample, resulting nucleic acids and use in synthesis of novel compounds ... more	WO0140497-A	AX153791	6	9.95	2001-06-07
19	Plants with increased yield (lt) ... more	WO2010034672-A	HC496913	5	8.29	2010-04-01
20	Process for the production of a fine chemical ... more	EP2090662-A	HB653976	4	6.63	2009-08-19