DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search
version : DDBJ release 84.1 (2011-02-21)
Japanese page
Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.
全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。
(プロジェクト定義の詳細)
総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別 に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。
(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
プロジェクト検索
プロジェクトを全文検索します。
検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
レコード検索
INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、
我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。
Top
Keyword Search
(
Search Projects
Search Records
)
BLAST search (blastn):
Overview
Download
All entries
Taxonomic Group
(Number of projects)
Humans
(104323)
Primates
(8352)
Rodents
(66984)
Mammals
(26986)
Vertebrates
(39851)
Invertebrates
(66880)
Plants
(136953)
Bacteria
(102412)
Viruses
(45058)
Phages
(2222)
SYN
(63297)
ENV
(14072)
UNA
(60232)
all
(681043)
Project Types
(Number of projects)
mRNAs
(23295)
functional RNAs
(324)
immune genes
(32)
olfactory
(15)
markers
(6112)
exon struct.
(22526)
polymorphisms
(7603)
organella
(519)
EST
(2368)
GSS
(303)
STS
(103)
HTC
(298)
HTG
(340)
TSA
(31)
UNA
(0)
CON
(123)
patent
(2086)
all
(66880)
Invertebrates x the patent data type
detail >>
<< hide the details
Sequence data of invertebrates
AND
Number of entries:
74,786
Number of projects:
2,086
Go to:
the patent office view
Number of registered projects (quarterly)
Number of registered sequences (quarterly)
incremental
/
cumulative
List of research projects
sort by size
/
sort by date
|◀
◁
▷
▶|
Research Projects
Patent number
Examples
Size
(Number of entries)
Proportion
(‰)
registration date
1
Ecdysone Receptor Ligand-binding Domain Structure
... more
JP2008501301-A
FW392839
1
0.01
2010-12-31
2
Use of silintaphin for the structure-directed fabrication of (nano)composite materials in medicine and (nano) technology
... more
EP2248824-A
HI645381
4
0.05
2010-11-10
3
Toxin of the spider phoneutria nigriventer for treatment of erectile dysfunction
... more
EP2247730-A
HI651866
3
0.04
2010-11-10
4
Methods of producing polymers of spider silk proteins
... more
EP2243792-A
HI584669
3
0.04
2010-10-27
5
Nucleotide and amino acid sequences encoding an exported protein 1 derived from plasmodium vivax and uses thereof
... more
WO2010111220-A
HH933803
1
0.01
2010-09-30
6
Assay method
... more
EP2231868-A
HH836962
9
0.12
2010-09-29
7
Riboswitches, methods for their use, and compositions for use with riboswitches
... more
EP2233494-A
HH834684
1
0.01
2010-09-29
8
Use of ixolaris, a tissue factor inhibitor, for the treatment and prevention of cancer
... more
WO2010107991-A
HH931506
1
0.01
2010-09-23
9
Cloning and characterizing of genes associated with long-term memory
... more
EP2228447-A
HH806849
3
0.04
2010-09-15
10
Production of protein
... more
WO2010100437-A
HH827090
5
0.07
2010-09-10
11
Protease for wound conditioning and skin care
... more
WO2010099955-A
HH826026
3
0.04
2010-09-10
12
Modified omci as a complement inhibitor
... more
WO2010100396-A
HH821760
1
0.01
2010-09-10
13
Protease for wound conditioning and skin care
... more
EP2226382-A
HH791274
1
0.01
2010-09-08
14
Polypeptides for the prevention or treatment of malaria
... more
WO2010097709-A
HH807142
9
0.12
2010-09-02
15
Plants having enhanced yield-related traits and a method for making the same
... more
WO2010097343-A
HH804501
2
0.03
2010-09-02
16
Metabolic engineering of a galactose assimilation pathway in the glycoengineered yeast pichia pastoris
... more
WO2010099153-A
HH806472
1
0.01
2010-09-02
17
MicroRNA molecules
... more
EP2224003-A
HH780610
17
0.23
2010-09-01
18
Polypeptides for the prevention or treatment of malaria
... more
EP2223937-A
HH773111
9
0.12
2010-09-01
19
Yeast cells expressing an exogenous cellulosome and methods of using the same
... more
WO2010096562-A
HH793138
1
0.01
2010-08-26
20
Synthesis of sequence-verified nucleic acids
... more
WO2010094772-A
HH794933
1
0.01
2010-08-26