DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search
version : DDBJ release 84.1 (2011-02-21)
Japanese page
Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.
全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。
(プロジェクト定義の詳細)
総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別 に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。
(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
プロジェクト検索
プロジェクトを全文検索します。
検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
レコード検索
INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、
我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。
Top
Keyword Search
(
Search Projects
Search Records
)
BLAST search (blastn):
Overview
Download
All entries
Taxonomic Group
(Number of projects)
Humans
(104323)
Primates
(8352)
Rodents
(66984)
Mammals
(26986)
Vertebrates
(39851)
Invertebrates
(66880)
Plants
(136953)
Bacteria
(102412)
Viruses
(45058)
Phages
(2222)
SYN
(63297)
ENV
(14072)
UNA
(60232)
all
(681043)
Project Types
(Number of projects)
mRNAs
(3190)
functional RNAs
(23769)
immune genes
(0)
olfactory
(0)
markers
(1315)
exon struct.
(6300)
polymorphisms
(4846)
organella
(0)
EST
(2)
GSS
(5)
STS
(1)
HTC
(1)
HTG
(2)
TSA
(0)
UNA
(0)
CON
(14)
patent
(3626)
all
(45058)
Viruses x all the research project type
detail >>
<< hide the details
Sequence data of viruses
AND
Number of entries:
1,035,297
Number of projects:
45,058
Go to:
Country view
Cumlative number of projects
Cumulative number of sequences
Average size of projects
incremental
/
cumulative
List of research projects
sort by size
/
sort by date
|◀
◁
▷
▶|
Research Projects
Examples
Size
(Number of entries)
Proportion
(‰)
registration date
1
METHOD OF INDUCING THE EXPRESSION OF BONE MORPHOGENETIC PROTEINS AND TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA PROTEINS IN CELLS
... more
FW390694
2
0.00
2010-12-31
2
ANIMAL MODEL FOR PROTEASE ACTIVITY AND LIVER DAMAGE
... more
FW390858
2
0.00
2010-12-31
3
Transmission of influenza virus in a mammalian host is increased by PB2 amino acids 627K or 627E/701N
... more
CY077099
2
0.00
2010-11-23
4
Influenza A virus NS1 targets the ubiquitin ligase TRIM25 to evade recognition by the host viral RNA sensor RIG-I
... more
CY077097
2
0.00
2010-11-23
5
Live attenuated influenza viruses containing NS1 truncations as vaccine candidates against H5N1 highly pathogenic avian influenza
... more
CY077101
1
0.00
2010-11-23
6
Pandemic influenza virus (H1N1) isolated in Yamagata, Japan, in 2009 and 2010
... more
AB601601
7
0.01
2010-11-19
7
Enterovirus
... more
AB601181
96
0.09
2010-11-17
8
Adenovirus
... more
AB601012
28
0.03
2010-11-16
9
Coxsackievirus
... more
AB601040
1
0.00
2010-11-16
10
Influenza A virus (A/Shiraz/14/2010(H1N1)) segment 1 polymerase PB2 (PB2) gene, partial cds.
... more
HQ606469
6
0.01
2010-11-15
11
Molecular and pathobiological characterization of Chrysanthemum stem necrosis virus isolates from distinct regions in Japan
... more
AB600870
4
0.00
2010-11-15
12
Influenza A virus (A/emu/Israel/552/2010(H5N1)) segment 4 hemagglutinin (HA) gene, complete cds.
... more
HQ606466
1
0.00
2010-11-14
13
Cloning and sequencing of HA and NA genes of duck-originated Influenza A virus subtype H6N6 from Guangxi
... more
HQ599858
2
0.00
2010-11-10
14
Epitope synchronization in antigen presenting cells
... more
HI650678
2
0.00
2010-11-10
15
Transmission of Influenza A Pandemic (H1N1) 2009 Virus in a Long-Term Care Facility in Ontario, Canada
... more
CY076752
48
0.05
2010-11-08
16
A novel reassorted pandemic H1N1 2009 in Thai pigs
... more
CY076728
16
0.02
2010-11-08
17
Equine coronavirus N protein
... more
AB599772
1
0.00
2010-11-08
18
BK polyomavirus DNA, complete genome, isolate RU9
... more
FR720315
1
0.00
2010-11-05
19
BK polyomavirus DNA, complete genome, isolate RU8
... more
FR720314
1
0.00
2010-11-05
20
BK polyomavirus DNA, complete genome, isolate RU7
... more
FR720313
1
0.00
2010-11-05