DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search
version : DDBJ release 84.1 (2011-02-21)
Japanese page
Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.
全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。
(プロジェクト定義の詳細)
総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別 に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。
(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
プロジェクト検索
プロジェクトを全文検索します。
検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
レコード検索
INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、
我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。
Top
Keyword Search
(
Search Projects
Search Records
)
BLAST search (blastn):
Overview
Download
All entries
Taxonomic Group
(Number of projects)
Humans
(104323)
Primates
(8352)
Rodents
(66984)
Mammals
(26986)
Vertebrates
(39851)
Invertebrates
(66880)
Plants
(136953)
Bacteria
(102412)
Viruses
(45058)
Phages
(2222)
SYN
(63297)
ENV
(14072)
UNA
(60232)
all
(681043)
Project Types
(Number of projects)
mRNAs
(1626)
functional RNAs
(13)
immune genes
(217)
olfactory
(8)
markers
(4078)
exon struct.
(1088)
polymorphisms
(363)
organella
(26)
EST
(43)
GSS
(69)
STS
(19)
HTC
(6)
HTG
(267)
TSA
(0)
UNA
(0)
CON
(19)
patent
(472)
all
(8352)
Primates x the immune genes type
detail >>
<< hide the details
Sequence data of primates (other than humans)
AND
that of the immune genes type project
Number of entries:
3,517
Number of projects:
217
Go to:
Country view
Cumlative number of projects
Cumulative number of sequences
Average size of projects
incremental
/
cumulative
List of research projects
sort by size
/
sort by date
|◀
◁
▷
▶|
Research Projects
Examples
Size
(Number of entries)
Proportion
(‰)
registration date
1
Sequence analysis of the grey mouse lemur (
Microcebus murinus
(
gray lesser mouse lemur
)) MHC class II DQ and DR region
... more
HQ222936
29
8.25
2010-09-05
2
MOLECULAR EVOLUTION OF IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY GENES IN PRIMATES
... more
AB583140
44
12.51
2010-08-24
3
Mafa-DRB5 variant MHC alleles in cynomolgus macaque
... more
HM355810
1
0.28
2010-05-24
4
Macaca fascicularis
(
crab-eating macaque
,
long-tailed macaque
) isolate Nqc00032 MHC class II antigen (Mafa-DQB1) gene, Mafa-DQB1*06 allele, partial cds.
... more
HM236220
61
17.34
2010-05-18
5
Macaca fascicularis
(
crab-eating macaque
,
long-tailed macaque
) isolate Nc00146 MHC class I antigen (Mafa-AG) gene, Mafa-AG1 allele, partial cds.
... more
HM236271
9
2.56
2010-05-18
6
Polymorphism analysis of MHC class II alleles in Chinese
Macaca fascicularis
(
crab-eating macaque
,
long-tailed macaque
)
... more
HM152983
125
35.54
2010-04-26
7
Primate (Mamu, Mane, and Mafa) MHC class II allele exon 2 sequences
... more
GU576462
17
4.83
2010-01-29
8
Primate (Mamu and Mafa) MHC class I allele exon 2, 3, and 4 sequences
... more
GU576455
7
1.99
2010-01-29
9
Macaca fascicularis
(
crab-eating macaque
,
long-tailed macaque
) MHC class I antigen (Mafa-A2) gene, partial sequence.
... more
GU215170
11
3.13
2009-11-16
10
Rhesus macaque, pig-tailed macaque, and cynomolgus macaque MHC class II DRB and DQB1 alleles
... more
GU130473
53
15.07
2009-10-23
11
Rhesus macaque, pig-tailed macaque, and cynomolgus macaque MHC class I A & B alleles
... more
GU130438
35
9.95
2009-10-23
12
Identification of a new Patr-B*01 variant, Patr-B*0102, by sequence-based typing in a chimpanzee (
Pan troglodytes
(
common chimpanzee
))
... more
GQ470394
1
0.28
2009-08-10
13
Evidence for extensive levels of DRB region configuration-associated polymorphisms in cynomolgus macaque populations
... more
FN433699
27
7.68
2009-07-31
14
A small, variable, and irregular killer cell Ig-like receptor locus accompanies the absence of MHC-C and MHC-G in gibbons
... more
GQ398089
3
0.85
2009-07-20
15
Identification of MHC-B alleles in Chinese cynomolgus macaque
... more
GQ411543
9
2.56
2009-07-17
16
Analysis of MHC-I B polymorphism in cynomolgus monkeys from southeast Asia
... more
GQ385973
1
0.28
2009-07-09
17
Identification of 15 novel MHC class II DPB1 alleles in five cohorts of Chinese wild rhesus macaques
... more
GQ354419
15
4.26
2009-07-03
18
Mamu-DRB, Mamu-DQB1, Mane-DRB, Mafa-DRB, and Mafa-DQB1 MHC class II alleles
... more
GQ266306
65
18.48
2009-06-15
19
Mamu-DQB1
... more
FN395351
6
1.71
2009-05-26
20
Mamu-DQA1
... more
FN395347
4
1.14
2009-05-25