DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search
version : DDBJ release 84.1 (2011-02-21)
Japanese page
Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.
全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。
(プロジェクト定義の詳細)
総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別 に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。
(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
プロジェクト検索
プロジェクトを全文検索します。
検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
レコード検索
INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、
我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。
Top
Keyword Search
(
Search Projects
Search Records
)
BLAST search (blastn):
Overview
Download
All entries
Taxonomic Group
(Number of projects)
Humans
(104323)
Primates
(8352)
Rodents
(66984)
Mammals
(26986)
Vertebrates
(39851)
Invertebrates
(66880)
Plants
(136953)
Bacteria
(102412)
Viruses
(45058)
Phages
(2222)
SYN
(63297)
ENV
(14072)
UNA
(60232)
all
(681043)
Project Types
(Number of projects)
mRNAs
(11977)
functional RNAs
(82)
immune genes
(646)
olfactory
(15)
markers
(3167)
exon struct.
(6032)
polymorphisms
(1394)
organella
(186)
EST
(578)
GSS
(181)
STS
(279)
HTC
(43)
HTG
(316)
TSA
(1)
UNA
(0)
CON
(62)
patent
(1676)
all
(26986)
Mammals x the patent data type
detail >>
<< hide the details
Sequence data of mammals (other than primates or rodents)
AND
Number of entries:
73,629
Number of projects:
1,676
Go to:
the patent office view
Cumlative number of projects
Cumulative number of sequences
Average size of projects
incremental
/
cumulative
List of research projects
sort by size
/
sort by date
|◀
◁
▷
▶|
Research Projects
Patent number
Examples
Size
(Number of entries)
Proportion
(‰)
registration date
1
Novel enzymes
... more
JP2006521103-A
FW381900
5
0.07
2010-12-31
2
Specific Inhibition of Allorejection
... more
JP2006520604-A
FW392783
3
0.04
2010-12-31
3
Novel Lafora's Disease Gene
... more
JP2007523624-A
FW392675
2
0.03
2010-12-31
4
Activity of recombinant equine follicle stimulating hormone
... more
EP2244717-A
HI639065
4
0.05
2010-11-03
5
Very long chain polyunsaturated fatty acids, methods of production, and uses
... more
EP2245166-A
HI644971
2
0.03
2010-11-03
6
Feed supplement
... more
WO2010122532-A
HI648165
2
0.03
2010-10-28
7
Methods of improving genetic profiles of dairy animals and products
... more
EP2243027-A
HI653141
50
0.68
2010-10-27
8
Genetic test for liver copper accumulation in dogs and low copper pet diet
... more
WO2010116137-A
HI587994
143
1.94
2010-10-14
9
Identification of regulatory t cells via the global gene regulator satb1
... more
WO2010115863-A
HI589699
2
0.03
2010-10-14
10
A method of regulating proliferation and differentiation of keratinocyes
... more
WO2010113146-A
HI577978
2
0.03
2010-10-07
11
Genetic markers for mastitis resistance
... more
WO2010108498-A
HH934956
9
0.12
2010-09-30
12
Gender-specific separation of sperm cells and embryos
... more
EP2229457-A
HH830265
11
0.15
2010-09-22
13
Feline pancreatic lipase
... more
EP2230255-A
HH827315
1
0.01
2010-09-22
14
Pregastric esterase and derivatives thereof
... more
WO2010102976-A
HH835095
1
0.01
2010-09-16
15
Intra-vascular kidney gene therapy with plasmid encoding BMP-7
... more
EP2228071-A
HH820058
4
0.05
2010-09-15
16
Bone morphogenic protein binding peptide
... more
EP2227242-A
HI573336
3
0.04
2010-09-15
17
Paratuberculosis susceptibility test
... more
EP2226391-A
HH791403
11
0.15
2010-09-08
18
Method of identifying prolificacy in mammals
... more
EP2225395-A
HI573333
1
0.01
2010-09-08
19
Proteins associated with abiotic stress response and homologs
... more
EP2221382-A
HH765949
62
0.84
2010-08-25
20
Modulation of C-reactive protein expression
... more
EP2218727-A
HH755857
1
0.01
2010-08-18