DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search

Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.

全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
1. プロジェクト検索
  プロジェクトを全文検索します。
  検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
  検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
  AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
2. レコード検索
  INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
  検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。

Taxonomic Group
(Number of projects)

Invertebrates
(66880)

Project Types
(Number of projects)

mRNAs
(306)

functional RNAs
(639)

immune genes
(1)

olfactory
(0)

markers
(4422)

exon struct.
(69328)

polymorphisms
(13429)

organella
(0)

TSA
(0)

Bacteria x the gene(exon/intron) structure analysis typedetail >>

Number of entries:	264,723
Number of projects:	69,328

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the project view

geographical distribution

Google map

show numbers hide numbers resize: [-] [+]

List of countries
(Click the numbers => Filter by countries)

	Country	Number of entries	Number of projects
1	United States of America Map	79,030	10,230
2	China Map	31,052	10,348
3	Japan Map	25,030	7,520
4	Germany Map	16,578	4,373
5	France Map	12,686	2,919
6	United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland Map	10,381	2,877
7	India Map	9,714	4,615
8	Republic of Korea Map	9,713	3,728
9	(Unclassified)	5,921	4,659
10	Canada Map	5,430	1,384
11	Spain Map	5,220	1,646
12	Australia Map	4,993	1,258
13	Italy Map	3,056	1,016
14	Netherlands Map	2,944	767
15	Brazil Map	2,853	508
16	Belgium Map	2,458	710
17	Denmark Map	2,404	410
18	Finland Map	2,381	289
19	Sweden Map	2,180	554
20	Taiwan Map	2,031	1,098
21	Austria Map	1,968	266
22	Switzerland Map	1,742	642
23	Israel Map	1,718	359
24	Russian Federation Map	1,622	725
25	Norway Map	1,428	292
26	Mexico Map	1,320	384
27	Thailand Map	1,293	497
28	New Zealand Map	1,254	249
29	Portugal Map	1,038	293
30	Singapore Map	974	232
31	Ireland Map	967	280
32	South Africa Map	947	280
33	Argentina Map	860	393
34	Islamic Republic of Iran Map	855	658
35	Poland Map	854	264
36	Greece Map	844	152
37	Hungary Map	645	149
38	Malaysia Map	597	300
39	Kuwait Map	592	21
40	Turkey Map	591	216
41	Czech Republic Map	577	134
42	Hong Kong Map	532	54
43	Chile Map	465	109
44	Tunisia Map	457	138
45	Kenya Map	438	23
46	Pakistan Map	414	286
47	Egypt Map	320	174
48	Viet Nam Map	308	156
49	Slovenia Map	275	46
50	Uruguay Map	240	45
51	Slovakia Map	220	86
52	Colombia Map	219	36
53	Costa Rica Map	217	10
54	Indonesia Map	138	43
55	Algeria Map	130	44
56	Lithuania Map	118	69
57	Luxembourg Map	107	3
58	Estonia Map	99	23
59	Philippines Map	94	24
60	Cuba Map	89	48
61	Sri Lanka Map	87	19
62	Trinidad and Tobago Map	86	5
63	Puerto Rico Map	83	8
64	Nigeria Map	67	10
65	Iceland Map	65	48
66	Ukraine Map	65	36
67	Lebanon Map	57	2
68	Croatia Map	56	14
69	Senegal Map	54	11
70	Bolivarian Republic of Venezuela Map	46	19
71	Uganda Map	46	6
72	Romania Map	41	17
73	Bulgaria Map	41	23
74	Saudi Arabia Map	40	26
75	French Polynesia Map	33	4
76	Belarus Map	28	19
77	Jamaica Map	27	2
78	Soviet Union Map	22	21
79	Serbia Map	20	6
80	Mauritius Map	11	5
81	Fiji Map	11	2
82	Qatar Map	10	4
83	Montenegro Map	9	6
84	Gambia Map	9	2
85	Panama Map	8	1
86	Bangladesh Map	7	3
87	Morocco Map	7	7
88	Peru Map	7	7
89	Oman Map	7	4
90	Yugoslavia Map	6	6
91	Ghana Map	6	1
92	Grenada Map	6	6
93	Ethiopia Map	5	3
94	Guadeloupe Map	4	1
95	Cameroon Map	3	1
96	Côte d'Ivoire Map	3	1
97	Mongolia Map	2	2
98	Ecuador Map	2	2
99	United Arab Emirates Map	2	2
100	Sudan Map	2	2
101	Kazakhstan Map	2	2
102	Jordan Map	1	1
103	Zambia Map	1	1
104	Iraq Map	1	1
105	Latvia Map	1	1
106	New Caledonia Map	1	1
107	Botswana Map	1	1
108	Uzbekistan Map	1	1
109	Moldova Map	1	1
110	Malta Map	1	1