DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search

Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.

全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
1. プロジェクト検索
  プロジェクトを全文検索します。
  検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
  検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
  AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
2. レコード検索
  INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
  検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。

Taxonomic Group
(Number of projects)

Invertebrates
(66880)

Project Types
(Number of projects)

mRNAs
(34043)

functional RNAs
(762)

immune genes
(0)

olfactory
(0)

markers
(13426)

exon struct.
(43248)

polymorphisms
(10823)

Plants, Fungi x the gene(exon/intron) structure analysis typedetail >>

Number of entries:	482,076
Number of projects:	43,248

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the project view

geographical distribution

Google map

show numbers hide numbers resize: [-] [+]

List of countries
(Click the numbers => Filter by countries)

	Country	Number of entries	Number of projects
1	United States of America Map	166,254	9,044
2	China Map	39,019	4,771
3	Germany Map	34,711	2,880
4	Canada Map	28,400	1,226
5	Japan Map	26,750	5,624
6	United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland Map	22,034	1,781
7	Sweden Map	17,918	625
8	France Map	16,532	1,533
9	Spain Map	12,827	1,224
10	Australia Map	11,004	911
11	Switzerland Map	9,076	528
12	Republic of Korea Map	8,483	1,237
13	Austria Map	7,495	350
14	Netherlands Map	6,726	1,038
15	South Africa Map	6,405	254
16	New Zealand Map	5,491	313
17	(Unclassified)	5,291	2,719
18	Denmark Map	5,284	297
19	Taiwan Map	5,123	864
20	Italy Map	4,691	857
21	Belgium Map	4,513	366
22	India Map	3,994	1,090
23	Finland Map	3,750	205
24	Brazil Map	3,516	347
25	Russian Federation Map	3,016	269
26	Norway Map	2,789	135
27	Mexico Map	2,781	266
28	Czech Republic Map	2,596	182
29	Argentina Map	1,771	124
30	Thailand Map	1,700	250
31	Poland Map	1,336	264
32	Hungary Map	1,148	236
33	Colombia Map	1,059	41
34	Chile Map	956	67
35	Slovenia Map	791	65
36	Estonia Map	623	26
37	Ireland Map	509	107
38	Portugal Map	508	172
39	Israel Map	489	218
40	New Caledonia Map	430	10
41	Islamic Republic of Iran Map	401	131
42	Malaysia Map	360	78
43	Hong Kong Map	319	35
44	Bolivarian Republic of Venezuela Map	283	23
45	Georgia Map	227	2
46	Singapore Map	202	50
47	Viet Nam Map	192	146
48	Reunion Map	189	2
49	Costa Rica Map	186	6
50	Bangladesh Map	174	25
51	Panama Map	151	5
52	Ecuador Map	150	3
53	Greece Map	145	66
54	Tunisia Map	112	19
55	Turkey Map	110	25
56	Serbia Map	101	13
57	Puerto Rico Map	87	15
58	Indonesia Map	83	19
59	Slovakia Map	74	45
60	Croatia Map	66	7
61	Egypt Map	61	32
62	Ukraine Map	57	12
63	Pakistan Map	55	27
64	Cuba Map	53	21
65	Ethiopia Map	48	1
66	Botswana Map	41	2
67	Luxembourg Map	39	1
68	Philippines Map	36	10
69	Nepal Map	33	1
70	Saudi Arabia Map	27	4
71	Latvia Map	26	4
72	Kuwait Map	23	19
73	Bulgaria Map	20	11
74	French Guiana Map	19	2
75	Senegal Map	15	1
76	Uruguay Map	14	5
77	Nigeria Map	13	10
78	Trinidad and Tobago Map	13	1
79	Sri Lanka Map	13	2
80	Belarus Map	12	8
81	Lithuania Map	9	5
82	Oman Map	8	7
83	Moldova Map	8	8
84	Lebanon Map	5	1
85	Iceland Map	4	2
86	Soviet Union Map	4	4
87	Yugoslavia Map	3	3
88	Mauritius Map	3	1
89	Montenegro Map	3	3
90	Zimbabwe Map	3	3
91	Peru Map	2	2
92	Kenya Map	1	1
93	United Arab Emirates Map	1	1
94	Fiji Map	1	1
95	Kazakhstan Map	1	1
96	Saint Helena Map	1	1