DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search

Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.

全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
1. プロジェクト検索
  プロジェクトを全文検索します。
  検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
  検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
  AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
2. レコード検索
  INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
  検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。

Taxonomic Group
(Number of projects)

Invertebrates
(66880)

Project Types
(Number of projects)

TSA
(0)

UNA
(0)

CON
(19)

patent
(472)

all
(8352)

Primates x the gene(exon/intron) structure analysis typedetail >>

Number of entries:	21,081
Number of projects:	1,088

Go to:
the project view

geographical distribution

Google map

show numbers hide numbers resize: [-] [+]

List of countries
(Click the numbers => Filter by countries)

	Country	Number of entries	Number of projects
1	United States of America Map	13,104	427
2	Germany Map	1,854	81
3	Japan Map	1,145	103
4	China Map	900	43
5	France Map	733	67
6	Netherlands Map	617	17
7	United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland Map	512	65
8	Brazil Map	454	32
9	(Unclassified)	291	91
10	Spain Map	182	22
11	Finland Map	142	3
12	Ireland Map	116	2
13	Italy Map	114	15
14	Switzerland Map	114	10
15	Singapore Map	113	3
16	Belgium Map	76	3
17	Gabon Map	75	1
18	Republic of Korea Map	74	9
19	India Map	60	16
20	Sweden Map	58	16
21	Denmark Map	56	8
22	Ecuador Map	49	2
23	Colombia Map	42	2
24	Canada Map	40	10
25	Taiwan Map	25	2
26	Mexico Map	20	6
27	Russian Federation Map	18	3
28	Australia Map	18	12
29	Estonia Map	11	3
30	Argentina Map	11	2
31	Poland Map	10	3
32	Austria Map	10	3
33	South Africa Map	9	3
34	Thailand Map	7	2
35	Islamic Republic of Iran Map	5	1
36	New Zealand Map	4	1
37	Israel Map	3	1
38	Hungary Map	2	1
39	Viet Nam Map	2	1
40	Greece Map	2	1
41	French Guiana Map	2	2
42	Norway Map	1	1