DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search

Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.

全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
1. プロジェクト検索
  プロジェクトを全文検索します。
  検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
  検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
  AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
2. レコード検索
  INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
  検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。

Taxonomic Group
(Number of projects)

Invertebrates
(66880)

Project Types
(Number of projects)

mRNAs
(143648)

functional RNAs
(26478)

immune genes
(6445)

olfactory
(154)

markers
(70668)

exon struct.
(187936)

polymorphisms
(44368)

All the species x the gene(exon/intron) structure analysis typedetail >>

Number of entries:	4,494,190
Number of projects:	187,936

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the project view

geographical distribution

Google map

show numbers hide numbers resize: [-] [+]

List of countries
(Click the numbers => Filter by countries)

	Country	Number of entries	Number of projects
1	United States of America Map	2,176,400	41,764
2	Canada Map	540,373	4,626
3	China Map	243,440	21,886
4	Germany Map	172,267	11,880
5	Republic of Korea Map	149,675	6,251
6	United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland Map	149,388	8,212
7	Japan Map	147,834	18,977
8	France Map	130,859	7,014
9	Brazil Map	102,747	1,801
10	Australia Map	80,436	3,847
11	Spain Map	64,833	4,302
12	Sweden Map	54,816	2,018
13	India Map	48,724	8,693
14	Finland Map	38,135	868
15	(Unclassified)	38,026	14,529
16	Netherlands Map	37,388	2,644
17	Switzerland Map	30,357	1,920
18	Italy Map	28,285	3,231
19	Denmark Map	19,268	1,087
20	Belgium Map	19,067	1,723
21	Austria Map	18,552	1,010
22	Taiwan Map	16,326	2,634
23	New Zealand Map	15,821	941
24	Israel Map	14,576	895
25	Mexico Map	13,808	1,001
26	Norway Map	13,779	738
27	South Africa Map	12,588	816
28	Portugal Map	10,981	753
29	Russian Federation Map	9,866	1,498
30	Czech Republic Map	8,980	648
31	Thailand Map	6,444	997
32	Greece Map	6,197	407
33	Argentina Map	5,425	782
34	Singapore Map	5,382	454
35	Poland Map	4,883	868
36	Ireland Map	4,853	532
37	Chile Map	4,686	335
38	Hungary Map	4,672	535
39	Panama Map	4,380	34
40	Slovenia Map	4,343	195
41	Costa Rica Map	3,928	26
42	Malaysia Map	2,772	500
43	Turkey Map	2,546	344
44	Islamic Republic of Iran Map	2,515	1,173
45	Colombia Map	2,448	142
46	Hong Kong Map	2,149	132
47	Uruguay Map	1,444	98
48	Estonia Map	1,369	76
49	Kenya Map	1,218	60
50	Tunisia Map	1,077	175
51	Slovakia Map	958	206
52	Viet Nam Map	856	393
53	Croatia Map	756	45
54	Iceland Map	707	64
55	Kuwait Map	682	51
56	Puerto Rico Map	675	43
57	Pakistan Map	616	387
58	Egypt Map	610	264
59	Indonesia Map	589	87
60	New Caledonia Map	574	16
61	Bolivarian Republic of Venezuela Map	485	81
62	Senegal Map	461	19
63	Cuba Map	423	84
64	Ecuador Map	405	15
65	Romania Map	357	57
66	Lithuania Map	357	124
67	Philippines Map	346	49
68	Serbia Map	305	26
69	Bangladesh Map	279	29
70	Georgia Map	230	5
71	Oman Map	222	12
72	Ukraine Map	220	66
73	Reunion Map	207	7
74	Algeria Map	192	45
75	Sri Lanka Map	189	43
76	Bulgaria Map	187	51
77	Gambia Map	176	4
78	Luxembourg Map	170	10
79	Uganda Map	149	11
80	Morocco Map	145	16
81	Trinidad and Tobago Map	103	8
82	Saudi Arabia Map	91	43
83	Nigeria Map	89	27
84	Gabon Map	85	8
85	Jamaica Map	78	23
86	Lebanon Map	69	7
87	Peru Map	63	27
88	Ethiopia Map	62	7
89	United Republic of Tanzania Map	53	2
90	Republic of the Congo Map	50	1
91	Botswana Map	45	3
92	Latvia Map	44	12
93	Soviet Union Map	43	42
94	Belarus Map	41	28
95	Sudan Map	34	10
96	Nepal Map	34	2
97	French Polynesia Map	33	4
98	French Guiana Map	33	8
99	Bolivia Map	33	3
100	Monaco Map	27	2
101	Montenegro Map	25	11
102	Madagascar Map	23	3
103	Jordan Map	20	9
104	Mauritius Map	19	8
105	Mongolia Map	13	4
106	Yugoslavia Map	13	11
107	Fiji Map	12	3
108	Guadeloupe Map	11	3
109	Qatar Map	11	5
110	Moldova Map	10	9
111	Cambodia Map	10	1
112	Ghana Map	8	2
113	Grenada Map	8	7
114	Cameroon Map	7	2
115	Iraq Map	5	3
116	Cyprus Map	5	4
117	Malta Map	4	4
118	United Arab Emirates Map	3	3
119	Côte d'Ivoire Map	3	1
120	Kazakhstan Map	3	3
121	Zimbabwe Map	3	3
122	Papua New Guinea Map	2	1
123	Zambia Map	1	1
124	Uzbekistan Map	1	1
125	Guam Map	1	1
126	Bermuda Map	1	1
127	Saint Helena Map	1	1
128	Togo Map	1	1
129	Brunei Darussalam Map	1	1
130	Cayman Islands Map	1	1