DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search

Browse, search, analyze and retrieve DNA database in terms of research projects.

全DNAデータベースのレコードをプロジェクト単位で操作します。
プロジェクトとは同じ登録日、同じ著者、同じリファレンスのレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

総覧 (INSD overview)
宿主の生物別 × 研究目的別に全プロジェクトを二元分類しています。
研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
キーワード検索
すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
1. プロジェクト検索
  プロジェクトを全文検索します。
  検索の対象はINSDレコードにおけるプロジェクト内での共通のフィールドのみです。
  検索キーワードは日本語、英語に対応しています。
  AND検索(スペースで連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(" OR "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。
2. レコード検索
  INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
  検索キーワードは英語のみ、検索方法はフレーズ検索(スペースで連結)のみ受け付けています。
BLAST検索
DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
トレンド分析
プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。

Taxonomic Group
(Number of projects)

Invertebrates
(66880)

Project Types
(Number of projects)

UNA
(0)

Mammals x the immune genes typedetail >>

Number of entries:	7,524
Number of projects:	646

Go to:
the project view

geographical distribution

Google map

show numbers hide numbers resize: [-] [+]

List of countries
(Click the numbers => Filter by countries)

	Country	Number of entries	Number of projects
1	United States of America Map	2,451	112
2	China Map	1,186	65
3	United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland Map	544	71
4	Japan Map	458	40
5	India Map	392	67
6	Germany Map	384	37
7	Australia Map	260	19
8	(Unclassified)	254	54
9	New Zealand Map	236	20
10	Canada Map	182	14
11	Sweden Map	161	15
12	France Map	156	17
13	Italy Map	126	8
14	Belgium Map	124	11
15	Spain Map	120	12
16	Greece Map	76	2
17	Republic of Korea Map	57	18
18	Netherlands Map	50	5
19	Slovakia Map	45	6
20	Czech Republic Map	42	4
21	South Africa Map	29	2
22	Austria Map	24	2
23	Brazil Map	22	2
24	Ireland Map	17	8
25	Finland Map	17	4
26	Argentina Map	16	7
27	Poland Map	15	3
28	Taiwan Map	13	2
29	Mexico Map	12	3
30	Thailand Map	10	1
31	Portugal Map	10	3
32	Russian Federation Map	8	3
33	Colombia Map	8	1
34	Islamic Republic of Iran Map	8	6
35	Kenya Map	5	1
36	Croatia Map	3	3
37	Uruguay Map	3	1