全DNAデータベースのレコードを纏め上げて"プロジェクト"と名付けられた単位ごとに操作します。
"プロジェクト"とは 'REFERENCE TITLE' 、 'REFERENCE JOURNAL' フィールドの記述が同一であるレコード群です。(プロジェクト定義の詳細)

1. 総覧 (INSD table of contents)
   宿主の生物別 × 研究目的別 に全プロジェクトを二元分類(二次元分類、二つの観点で分類)しています。
   研究目的別分類はレコードのフィールドやサブフィールドの埋まり具合で推定しています。(分類方法の詳細)
2. キーワード検索
   すべてのINSDレコードをそれぞれが由来する研究プロジェクト単位にまとめて検索し、プロジェクト単位で配列をダウンロードすることも可能です。
   大抵はプロジェクト検索とレコード検索で同じ結果を返しますが、配列の特徴などの表現やクローン名はレコード検索をお薦めします。
   1. プロジェクト検索
      プロジェクトを全文検索します。
      検索の対象は、プロジェクト ID 、プロジェクト名、特許公報番号、登録日のみです。
      AND検索(" AND " で連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(スペース " "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。詳しくは、検索エンジン Lucene の説明 (http://lucene.apache.org/java/2_4_0/queryparsersyntax.html) を参照してください。
   2. レコード検索
      INSDレコードを全文検索します。検索結果はプロジェクト別にまとめて、二元分類します。
      検索キーワードは英語のみ、検索方法はAND検索(" AND " で連結)、フレーズ検索(二重引用符(")で囲む)、OR検索(スペース " "で連結)、除外キーワード(単語の前にマイナス記号(-)を付加)など一般的な検索手法が利用できます。詳しくは、検索エンジン Lucene の説明 (http://lucene.apache.org/java/2_4_0/queryparsersyntax.html) を参照してください。
3. BLAST検索
   DNAデータベース全体を配列で検索して、マッチしたレコードを自動的にプロジェクト単位にまとめて、二元分類します。
   多型研究などで数百も登録された同一遺伝子に邪魔されることなく、関連遺伝子を見つけることが出来ます。
   ESTなどにいくらマッチがあっても気にしないで全体に検索を投げられます。
   これまで知らなかったINSDディビジョン(特許や微生物など)に類似配列があるかもしれません。
4. トレンド分析
   プロジェクトは、リリースされた日付とプロジェクトのレコード数の2つの特徴で序列化あるいはグラフ表示できます。
   また、登録者の国籍でフィルターすることが可能になっています。
   例えば、我が国では配列決定研究が減少傾向にあることがわかります。