ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDB http://lifesciencedb.jp/ 2017-11-08T06:53:49+00:00 ja 文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイト。生命科学分野のデータベースカタログや横断検索、総説や特許、研究報告書の文献検索、ツール、バイオNLP、動画による教材、事業説明など。 統合データベース講習会:AJACS下総(2017年12月19日)の参加者募集中です http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3656 <p>千葉大学ゐのはな同窓会館多目的ホール にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催、DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。<br /> 現在参加者募集中です。 (申込締切:12月11日(月)まで)</p> <p>&nbsp;</p> <p> 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方に加えて、遺伝子発現データベース、ゲノムデータベース、次世代シーケンスデータベース、次世代シーケンサー解析についてご紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。</p> <p>&nbsp;</p> <p>DBCLSからは、箕輪 真理、仲里 猛留、小野 浩雅 が講師として参加します。</p> <p>&nbsp;</p> <p>プログラムの詳細ならびにお申し込みは <a href="http://events.biosciencedbc.jp/training/ajacs67" title="AJACS下総のページ" target="_blank">AJACS下総のページ</a>をご覧ください。</p> hono 2017-11-08T06:53:49+00:00 イベント 募集 広報 千葉大学ゐのはな同窓会館多目的ホール にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催、DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切:12月11日(月)まで) […] DBCLS Galaxy メンテナンスのお知らせ http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3649 <p>DBCLS Galaxy は、緊急のセキュリティアップグレードのため、現在ご利用いただけません。復旧の目処が立ち次第、アナウンスをいたします。ご不便をおかけしますが、ご理解の程どうぞよろしくお願いいたします。</p> dbcls_website_admin 2017-10-24T07:14:52+00:00 サービス DBCLS Galaxy は、緊急のセキュリティアップグレードのため、現在ご利用いただけません。復旧の目処が立ち次第、アナウンスをいたします。ご不便をおかけしますが、ご理解の程どうぞよろしくお願いいたします。 希少疾患の診断を支援するための検索サービス 「PubCaseFinder」を公開しました。 http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3612 <h3>PubCaseFinder とは</h3> <p><strong>PubCaseFinderは希少疾患の診断を支援するために作成された検索サービス</strong>です。患者の症状と関連性の高い希少疾患や症例報告を効率よく検索できます。</p> <p> ( <a href="https://pubcasefinder.dbcls.jp" rel="noopener" target="_blank">https://pubcasefinder.dbcls.jp</a> )</p> <h3>利用例</h3> <ul> <li>遺伝学的検索の結果から、疾患候補を数十から数百に絞り込んだ後に、その中から患者の症状と関連性の高い疾患を検索する。</li> <li>未診断患者と症状が類似し、変異が共通する症例報告を検索し、新しい疾患原因変異の同定に役立てる。</li> <li>教科書などでは報告されてない症状が希少疾患患者で見つかった場合に、症例報告で同様の症状が報告されてないかを検索し、診断の参考にする。</li> </ul> <p><img src="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/09/Pubcasefinder_Fig1.png" alt="" width="600" height="412" class="aligncenter size-medium wp-image-3629" /><br /> 図1. PubCaseFinderのトップページ</p> <h3>PubCaseFinderの特徴</h3> <h4>患者の症状と関連性の高い希少疾患を素早く検索</h4> <p>希少疾患はおよそ6,000から7,000存在すると言われ、診断率の向上および早期の診断が課題になっています。例えば、希少疾患患者の半数は生涯診断がつかないことが報告されています[※1]。そこで近年では、エキソーム解析などの次世代シーケンサーを用いた遺伝学的検査が実施され、診断率が向上していますが、検査結果の解釈は容易ではありません。特に、疾患候補を数十から数百に絞り込んだ後に、それら疾患において患者と同様の症状が報告されているかを、OMIM[※2]やOrphanet[※3]などのデータベース、または文献を元に調べる必要があり、多くの手間を必要とします。</p> <p>そこで我々は、PubMed[※4]に収録されている100万件以上の症例報告から希少疾患に関連する症状を集め、希少疾患と症状の関係をデータベース化しました。PubCaseFinderを利用すれば、数十から数百に絞り込まれた疾患候補の中で、患者の症状と関連性の高い疾患を素早く検索することができます。</p> <p>&nbsp;</p> <ul> <li>※1 Sawyer, S. L., et al. “Utility of whole‐exome sequencing for those near the end of the diagnostic odyssey: time to address gaps in care.” Clinical genetics 89.3 (2016): 275-284.</li> <li>※2 <a href="https://www.omim.org" rel="noopener" target="_blank">https://www.omim.org</a></li> <li>※3 <a href="http://www.orpha.net" rel="noopener" target="_blank">http://www.orpha.net</a></li> <li>※4 <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed" rel="noopener" target="_blank">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed</a></li> </ul> <p><img src="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/09/Pubcasefinder_Fig2.png" alt="" width="600" height="412" class="aligncenter size-medium wp-image-3629" /><br /> 図2. 類似希少疾患検索結果</p> <h4>症例報告を効率よく検索</h4> <p>希少疾患の中で、疾患の原因となる変異が明らかになっているのはおよそ半数です[※5]。原因となる変異が明らかではない疾患は、遺伝学的検査を実施しても診断が難しいため、診断率の向上には疾患原因となる変異の同定が非常に重要です。新規の疾患原因変異を同定するためには、同じ変異があり、かつ症状が類似する複数の症例を集める必要がありますが、希少疾患は患者数が少なく、類似する症例を集めるのは困難を伴います。</p> <p>そこで我々は100万件以上の症例報告の中から、希少疾患に関連する症例報告を約30万件抽出し、PubCaseFinderの検索対象としました。各症例報告に含まれる症状、遺伝子名、変異情報などを利用して、患者の症状や変異と関連例の高い症例報告を効率よく検索することができます。</p> <p>また、本機能はREST APIとしても提供されていますが、同APIは症例交換のための世界的ネットワークであるMatchmaker Exchange[※6]に採用され、症例交換プラットフォームであるPhenomeCentral[※7]およびPatient Archive[※8]で利用されています。</p> <p>&nbsp;</p> <ul> <li>※5 Chong, Jessica X., et al. “The genetic basis of Mendelian phenotypes: discoveries, challenges, and opportunities.” The American Journal of Human Genetics 97.2 (2015): 199-215.</li> <li>※6 <a href="http://www.matchmakerexchange.org" rel="noopener" target="_blank">http://www.matchmakerexchange.org</a></li> <li>※7 <a href="https://phenomecentral.org" rel="noopener" target="_blank">https://phenomecentral.org</a></li> <li>※8 <a href="http://patientarchive.org" rel="noopener" target="_blank">http://patientarchive.org</a></li> </ul> <p><img src="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/09/Pubcasefinder_Fig3.png" alt="" width="600" height="412" class="aligncenter size-medium wp-image-3629" /><br /> 図3. 類似症例報告検索結果</p> <h4>希少疾患と症状の関係をわかりやすく</h4> <p>症例報告は、稀な症状や薬の副作用を素早く報告するのに有効な手段です。特に希少疾患において、教科書にはまとめられてない新規の症状を見つけるのに有効です[※9]。しかし、大量の文献の中から、各希少疾患と関連性の高い新規の症状を見つけるのは容易ではありません。</p> <p>そこでPubCaseFinderでは、症例報告や他のリソースを元に関連付けた各希少疾患に対する症状の一覧を表示し、また関連付けられた希少疾患と症状を含むセンテンスの一覧を表示する機能を提供しています。</p> <p>&nbsp;</p> <ul> <li>※9 Carey JC. ”The importance of case reports in advancing scientific knowledge of rare diseases.” Adv Exp Med Biol 686 (2010): 77-86.</li> </ul> <p><img src="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/09/Pubcasefinder_Fig4.png" alt="" width="600" height="412" class="aligncenter size-medium wp-image-3629" /><br /> 図4. 希少疾患名と症状を含むセンテンスの可視化 </p> <h3>今後の開発予定</h3> <ul> <li>日本語で症状を入力出来るように検索サービスの日本語対応を行います。 </li> <li>利用者のフィードバックなどを参考にしながら機能拡張、新規機能の追加を検討します。</li> </ul> hono 2017-09-27T04:52:20+00:00 サービス 広報 PubCaseFinder とは PubCaseFinderは希少疾患の診断を支援するために作成された検索サービスです。患者の症状と関連性の高い希少疾患や症例報告を効率よく検索できます。 ( https://pubcas […] 第2回RDF講習会(2017年10月6日)を開催します。 http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3599 <p><a href="http://biosciencedbc.jp/" target="_blank">NBDC</a>とライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、多種多様な生命科学データベースを統合して利活用するための技術開発や環境整備に取り組んでおり、そのためにRDFを含むセマンティックウェブ技術の応用を推進しています。その一環として、これまで、フルRDF形式で実装したゲノムデータベース<a href="http://togogenome.org/" target="_blank">TogoGenome</a>や、アプリケーション開発フレームワーク<a href="http://www.togostanza.org/" target="_blank">TogoStanza</a>、日本で開発されたRDFデータのリポジトリ<a href="https://integbio.jp/rdf/">NBDC RDFポータル</a>等を公開してきました。<br /> &nbsp;<br /> また昨年は、RDFの普及活動として「<a href="http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial1">第1回 RDF 講習会</a>」を開催し、RDFの入門、生命科学データベースRDF化の取り組み、RDFデータベースへの問い合わせ言語SPARQL等について講義を行いましたが、本年度もトーゴーの日と連続して「<a href="http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2">第2回 RDF 講習会</a>」を開催します。今回はRDFの作り方をテーマにしました。基礎から解説する予定なので、特に事前知識は必要ありません。ご自身のデータをRDF化する方法、また、作成したRDFデータを既存のRDFデータと統合して利用する方法にご興味のある方は、ふるってご参加ください。<br /> &nbsp;</p> <p>【日時】10月6日(金)10:00~16:00<br /> 【会場】JST東京本部別館2階会議室A-2(東京都千代田区五番町7 K’s 五番町)<br /> 【主催】情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)<br /> 【共催】科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)<br /> 【参加費】無料<br /> 【参加登録】<a href="https://form.jst.go.jp/enquetes/rdf2" target="_blank">参加登録フォーム</a>からお申し込みください。<br /> (申込締切10月2日(月)17:00まで。参加希望者多数の場合は抽選。参加可否は10月3日中にお知らせします)<br /> 【ウェブサイト】<a href="http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2">http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2</a><br /> &nbsp;<br /> みなさまのご参加をお待ちしています。</p> hono 2017-09-21T06:19:15+00:00 イベント 募集 NBDCとライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、多種多様な生命科学データベースを統合して利活用するための技術開発や環境整備に取り組んでおり、そのためにRDFを含むセマンティックウェブ技術の応用を推進 […] 五斗教授および片山特任助教のインタビュー記事「生物学とデータベースの関係は?」公開のお知らせ http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3569 <p><a href="https://sr.rois.ac.jp/index.html" target="_blank">情報・システム研究機構の「サイエンスリポート」ウェブサイト</a>に当センターの五斗教授および片山特任助教のインタビュー記事<a href="https://sr.rois.ac.jp/article/sr/010.html" target="_blank">「生物学とデータベースの関係は?」</a>が掲載されました。<br /> ぜひご一読ください。</p> <p>関連サイト:<a href="https://sr.rois.ac.jp/index.html" target="_blank">情報・システム研究機構「サイエンスリポート」ウェブサイト</a></p> hono 2017-09-12T01:00:45+00:00 広報 情報・システム研究機構の「サイエンスリポート」ウェブサイトに当センターの五斗教授および片山特任助教のインタビュー記事「生物学とデータベースの関係は?」が掲載されました。 ぜひご一読ください。 関連サイト:情報・システム研 […] [プレスリリース] 遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツール「RefEx」を開発 http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3526 <p>当センターの小野 浩雅 特任助教と坊農 秀雅 特任准教授による論文 <strong>RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes</strong> がScientific Data誌に掲載されました。<br /> 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。<br /> <a target=_blank href="http://dx.doi.org/10.1038/sdata.2017.105">http://dx.doi.org/10.1038/sdata.2017.105</a><br /> &nbsp;<br /> Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H<br /> <strong>RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes</strong><br /> Scientific Data, 4:170105<br /> DOI: 10.1038/sdata.2017.105<br /> &nbsp;<br /> 詳細については<a href="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/08/20170830RefEx_ROISformat_final3.pdf" target=_blank>報道発表資料PDF</a>をご覧ください。<br /> また、<a href="http://first.lifesciencedb.jp/from_dbcls/e0002">ライフサイエンス新着論文レビューからも解説記事</a>がご覧いただけます。<br /> &nbsp;<br /> 本研究は、国立遺伝学研究所が有する<a href="https://sc.ddbj.nig.ac.jp/" target="_blank">遺伝研スーパーコンピュータシステム</a>を利用しました。</p> hono 2017-08-30T05:00:03+00:00 サービス 広報 当センターの小野 浩雅 特任助教と坊農 秀雅 特任准教授による論文 RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional […] 統合データベース講習会:AJACS河内(2017年8月24日)の参加者募集中です http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3519 <p>関西医科大学 第一講義室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催、DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。<br /> 現在参加者募集中です。 (申込締切:8月14日(月)まで)</p> <p>&nbsp;</p> <p> 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方に加えて、パスウェイデータベース、遺伝子発現データベース、次世代シーケンサー解析、データ可視化について紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。</p> <p>&nbsp;</p> <p>DBCLSからは、箕輪 真理、坊農 秀雅、仲里 猛留 が講師として参加します。</p> <p>&nbsp;</p> <p>プログラムの詳細ならびにお申し込みは <a href="http://events.biosciencedbc.jp/training/ajacs66" title="AJACS河内のページ" target="_blank">AJACS河内のページ</a>をご覧ください。</p> hono 2017-07-27T02:17:36+00:00 イベント 募集 関西医科大学 第一講義室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催、DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切:8月14日(月)まで)   […] RDF によるデータベース統合化技術に関する総説が日本生物工学会誌に掲載されました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3515 <p>当センターの 河野 信 特任准教授 による総説「RDF によるデータベース統合化技術」が日本生物工学会誌に掲載されました。連載「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」の第6回目です。<br /> 総説はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。<br /> <a target="_blank" href="https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9507/9507_bioinformatics.pdf">https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9507/9507_bioinformatics.pdf</a></p> hono 2017-07-26T01:00:27+00:00 その他 広報 当センターの 河野 信 特任准教授 による総説「RDF によるデータベース統合化技術」が日本生物工学会誌に掲載されました。連載「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」の第6回目です。 総説はオープンアク […] JBI(Japan alliance for Bioscience Information)ポータル開設のお知らせ http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3506 <p><a href="http://dbcls.rois.ac.jp/" target="_blank">大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)</a>は、<a href="http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html" target="_blank">情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所DNA Data Bank of Japan(DDBJ)</a>、<a href="https://pdbj.org/" target="_blank">大阪大学蛋白質研究所日本蛋白質構造データバンク(PDBj: Protein Data Bank Japan)</a>、<a href="https://biosciencedbc.jp/" target="_blank">科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)</a>と共同で、研究者に役立つサービス・情報のワンストップサービスを目指して、生命科学データベースポータルサイト『JBI (Japan alliance for Bioscience Information)ポータル』を開設いたしました。<br /> &nbsp;<br /> JBIポータルウェブサイトURL: <a href="http://jbioinfo.jp/" target="_blank">http://jbioinfo.jp/</a><br /> &nbsp;<br /> JBIについての詳細はこちら(<a href="http://jbioinfo.jp/aboutus.html" target="_blank">http://jbioinfo.jp/aboutus.html</a>)をご覧ください。<br /> &nbsp;</p> hono 2017-07-14T01:00:20+00:00 その他 広報 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所DNA Data Bank of Japa […] 統合データベース講習会AJACSa4つくば 開催のお知らせ http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3492 <p>ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、AJACSadvanced講習会を実施しています。その一つとして今回、農業生物におけるゲノム配列利用講習会を以下の日程にて行います。詳細は以下をご覧ください。<br /> &nbsp;<br /> 日時: 2017年8月10日(木)<br /> 場所: 農林水産技術会議事務局 <a href="http://www.affrc.maff.go.jp/tsukuba/top/">筑波産学連携支援センター</a> (〒305-8601 茨城県つくば市観音台2丁目1−9) 展示会議室(午前)、情報共同利用館(電農館) 3Fセミナー室<br /> 参加費: 無料<br /> 共催: 農研機構生物機能利用研究部門・SIP次世代育種技術コンソーシアム、ライフサイエンス統合データベースセンター<br /> &nbsp;<br /> 午前 講演(事前登録不要)<br /> 10:20-10:30  共催機関あいさつ<br /> 10:30-12:00 講演 (講師: 坊農秀雅(DBCLS))<br /> 統合データベース活動が提供するサービスの紹介<br /> 次世代シーケンサから得られる塩基配列のデータアーカイブ Sequence Read Archive(SRA)とその使い方<br /> &nbsp;<br /> 午後 ハンズオン講習 (参加登録必要:会場キャパの関係上応募者多数の場合は受講をお断りする場合がございますのであらかじめご了承ください)<br /> 13:00-16:00 講習会 (講師: 内藤雄樹(DBCLS))<br /> 遺伝子や塩基配列を検索するためのデータベース・ウェブツール(ゲノムブラウザー, GGRNA, GGGenome, 他)<br /> ゲノム編集に役立つデータベース・ウェブツール(CRISPRdirect, 他)<br /> 研究を効率化するウェブツール<br /> 17:00  部屋閉鎖<br /> &nbsp;</p> <p><a href="http://bit.ly/ajacsa4" target="_blank" rel="noopener">詳細や参加登録はこちらのウェブサイトから</a>お願いします。<br /> 人数多数の場合は、各グループからの人数を調整させていただく場合があります。 なにかご不明な点などありましたら<a href="http://dbcls.rois.ac.jp/contact" target="_blank" rel="noopener">「お問い合わせ」</a>からご送信下さい。</p> hono 2017-07-03T01:24:32+00:00 イベント 募集 広報 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、AJACSadvanced講習会を実施しています。その一つとして今回、農業生物におけるゲノム配列利用講習会を以下の日程にて行います。詳細は以下をご覧ください。 […] 不具合修正のお知らせ:蛋白質核酸酵素バックナンバー全文検索 http://lifesciencedb.jp/pne/ admin 2010-12-15T18:30:00+00:00 サービス 蛋白質核酸酵素の一部のPDFのファイルサイズが原因でFirefoxで閲覧できない不具合がありましたが、ファイルサイズを縮小して対応いたしました。また一部のPDFファイルの印刷制限を追加いたしました。利用者の皆様には大変ご迷惑をおかけいたしました。(2010年12月15日)