ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDB http://lifesciencedb.jp/ 2017-09-21T08:28:43+00:00 ja 文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイト。生命科学分野のデータベースカタログや横断検索、総説や特許、研究報告書の文献検索、ツール、バイオNLP、動画による教材、事業説明など。 第2回RDF講習会(2017年10月6日)を開催します。 http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3599 <p><a href="http://biosciencedbc.jp/" target="_blank">NBDC</a>とライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、多種多様な生命科学データベースを統合して利活用するための技術開発や環境整備に取り組んでおり、そのためにRDFを含むセマンティックウェブ技術の応用を推進しています。その一環として、これまで、フルRDF形式で実装したゲノムデータベース<a href="http://togogenome.org/" target="_blank">TogoGenome</a>や、アプリケーション開発フレームワーク<a href="http://www.togostanza.org/" target="_blank">TogoStanza</a>、日本で開発されたRDFデータのリポジトリ<a href="https://integbio.jp/rdf/">NBDC RDFポータル</a>等を公開してきました。<br /> &nbsp;<br /> また昨年は、RDFの普及活動として「<a href="http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial1">第1回 RDF 講習会</a>」を開催し、RDFの入門、生命科学データベースRDF化の取り組み、RDFデータベースへの問い合わせ言語SPARQL等について講義を行いましたが、本年度もトーゴーの日と連続して「<a href="http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2">第2回 RDF 講習会</a>」を開催します。今回はRDFの作り方をテーマにしました。基礎から解説する予定なので、特に事前知識は必要ありません。ご自身のデータをRDF化する方法、また、作成したRDFデータを既存のRDFデータと統合して利用する方法にご興味のある方は、ふるってご参加ください。<br /> &nbsp;</p> <p>【日時】10月6日(金)10:00~16:00<br /> 【会場】JST東京本部別館2階会議室A-2(東京都千代田区五番町7 K’s 五番町)<br /> 【主催】情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)<br /> 【共催】科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)<br /> 【参加費】無料<br /> 【参加登録】<a href="https://form.jst.go.jp/enquetes/rdf2" target="_blank">参加登録フォーム</a>からお申し込みください。<br /> (申込締切10月2日(月)17:00まで。参加希望者多数の場合は抽選。参加可否は10月3日中にお知らせします)<br /> 【ウェブサイト】<a href="http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2">http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2</a><br /> &nbsp;<br /> みなさまのご参加をお待ちしています。</p> hono 2017-09-21T06:19:15+00:00 イベント 募集 NBDCとライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、多種多様な生命科学データベースを統合して利活用するための技術開発や環境整備に取り組んでおり、そのためにRDFを含むセマンティックウェブ技術の応用を推進 […] 五斗教授および片山特任助教のインタビュー記事「生物学とデータベースの関係は?」公開のお知らせ http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3569 <p><a href="https://sr.rois.ac.jp/index.html" target="_blank">情報・システム研究機構の「サイエンスリポート」ウェブサイト</a>に当センターの五斗教授および片山特任助教のインタビュー記事<a href="https://sr.rois.ac.jp/article/sr/010.html" target="_blank">「生物学とデータベースの関係は?」</a>が掲載されました。<br /> ぜひご一読ください。</p> <p>関連サイト:<a href="https://sr.rois.ac.jp/index.html" target="_blank">情報・システム研究機構「サイエンスリポート」ウェブサイト</a></p> hono 2017-09-12T01:00:45+00:00 広報 情報・システム研究機構の「サイエンスリポート」ウェブサイトに当センターの五斗教授および片山特任助教のインタビュー記事「生物学とデータベースの関係は?」が掲載されました。 ぜひご一読ください。 関連サイト:情報・システム研 […] [プレスリリース] 遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツール「RefEx」を開発 http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3526 <p>当センターの小野 浩雅 特任助教と坊農 秀雅 特任准教授による論文 <strong>RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes</strong> がScientific Data誌に掲載されました。<br /> 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。<br /> <a target=_blank href="http://dx.doi.org/10.1038/sdata.2017.105">http://dx.doi.org/10.1038/sdata.2017.105</a><br /> &nbsp;<br /> Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H<br /> <strong>RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes</strong><br /> Scientific Data, 4:170105<br /> DOI: 10.1038/sdata.2017.105<br /> &nbsp;<br /> 詳細については<a href="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/08/20170830RefEx_ROISformat_final3.pdf" target=_blank>報道発表資料PDF</a>をご覧ください。<br /> また、<a href="http://first.lifesciencedb.jp/from_dbcls/e0002">ライフサイエンス新着論文レビューからも解説記事</a>がご覧いただけます。<br /> &nbsp;<br /> 本研究は、国立遺伝学研究所が有する<a href="https://sc.ddbj.nig.ac.jp/" target="_blank">遺伝研スーパーコンピュータシステム</a>を利用しました。</p> hono 2017-08-30T05:00:03+00:00 サービス 広報 当センターの小野 浩雅 特任助教と坊農 秀雅 特任准教授による論文 RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional […] 統合データベース講習会:AJACS河内(2017年8月24日)の参加者募集中です http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3519 <p>関西医科大学 第一講義室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催、DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。<br /> 現在参加者募集中です。 (申込締切:8月14日(月)まで)</p> <p>&nbsp;</p> <p> 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方に加えて、パスウェイデータベース、遺伝子発現データベース、次世代シーケンサー解析、データ可視化について紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。</p> <p>&nbsp;</p> <p>DBCLSからは、箕輪 真理、坊農 秀雅、仲里 猛留 が講師として参加します。</p> <p>&nbsp;</p> <p>プログラムの詳細ならびにお申し込みは <a href="http://events.biosciencedbc.jp/training/ajacs66" title="AJACS河内のページ" target="_blank">AJACS河内のページ</a>をご覧ください。</p> hono 2017-07-27T02:17:36+00:00 イベント 募集 関西医科大学 第一講義室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催、DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切:8月14日(月)まで)   […] RDF によるデータベース統合化技術に関する総説が日本生物工学会誌に掲載されました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3515 <p>当センターの 河野 信 特任准教授 による総説「RDF によるデータベース統合化技術」が日本生物工学会誌に掲載されました。連載「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」の第6回目です。<br /> 総説はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。<br /> <a target="_blank" href="https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9507/9507_bioinformatics.pdf">https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9507/9507_bioinformatics.pdf</a></p> hono 2017-07-26T01:00:27+00:00 その他 広報 当センターの 河野 信 特任准教授 による総説「RDF によるデータベース統合化技術」が日本生物工学会誌に掲載されました。連載「バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!」の第6回目です。 総説はオープンアク […] JBI(Japan alliance for Bioscience Information)ポータル開設のお知らせ http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3506 <p><a href="http://dbcls.rois.ac.jp/" target="_blank">大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)</a>は、<a href="http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html" target="_blank">情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所DNA Data Bank of Japan(DDBJ)</a>、<a href="https://pdbj.org/" target="_blank">大阪大学蛋白質研究所日本蛋白質構造データバンク(PDBj: Protein Data Bank Japan)</a>、<a href="https://biosciencedbc.jp/" target="_blank">科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)</a>と共同で、研究者に役立つサービス・情報のワンストップサービスを目指して、生命科学データベースポータルサイト『JBI (Japan alliance for Bioscience Information)ポータル』を開設いたしました。<br /> &nbsp;<br /> JBIポータルウェブサイトURL: <a href="http://jbioinfo.jp/" target="_blank">http://jbioinfo.jp/</a><br /> &nbsp;<br /> JBIについての詳細はこちら(<a href="http://jbioinfo.jp/aboutus.html" target="_blank">http://jbioinfo.jp/aboutus.html</a>)をご覧ください。<br /> &nbsp;</p> hono 2017-07-14T01:00:20+00:00 その他 広報 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所DNA Data Bank of Japa […] 統合データベース講習会AJACSa4つくば 開催のお知らせ http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3492 <p>ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、AJACSadvanced講習会を実施しています。その一つとして今回、農業生物におけるゲノム配列利用講習会を以下の日程にて行います。詳細は以下をご覧ください。<br /> &nbsp;<br /> 日時: 2017年8月10日(木)<br /> 場所: 農林水産技術会議事務局 <a href="http://www.affrc.maff.go.jp/tsukuba/top/">筑波産学連携支援センター</a> (〒305-8601 茨城県つくば市観音台2丁目1−9) 展示会議室(午前)、情報共同利用館(電農館) 3Fセミナー室<br /> 参加費: 無料<br /> 共催: 農研機構生物機能利用研究部門・SIP次世代育種技術コンソーシアム、ライフサイエンス統合データベースセンター<br /> &nbsp;<br /> 午前 講演(事前登録不要)<br /> 10:20-10:30  共催機関あいさつ<br /> 10:30-12:00 講演 (講師: 坊農秀雅(DBCLS))<br /> 統合データベース活動が提供するサービスの紹介<br /> 次世代シーケンサから得られる塩基配列のデータアーカイブ Sequence Read Archive(SRA)とその使い方<br /> &nbsp;<br /> 午後 ハンズオン講習 (参加登録必要:会場キャパの関係上応募者多数の場合は受講をお断りする場合がございますのであらかじめご了承ください)<br /> 13:00-16:00 講習会 (講師: 内藤雄樹(DBCLS))<br /> 遺伝子や塩基配列を検索するためのデータベース・ウェブツール(ゲノムブラウザー, GGRNA, GGGenome, 他)<br /> ゲノム編集に役立つデータベース・ウェブツール(CRISPRdirect, 他)<br /> 研究を効率化するウェブツール<br /> 17:00  部屋閉鎖<br /> &nbsp;</p> <p><a href="http://bit.ly/ajacsa4" target="_blank" rel="noopener">詳細や参加登録はこちらのウェブサイトから</a>お願いします。<br /> 人数多数の場合は、各グループからの人数を調整させていただく場合があります。 なにかご不明な点などありましたら<a href="http://dbcls.rois.ac.jp/contact" target="_blank" rel="noopener">「お問い合わせ」</a>からご送信下さい。</p> hono 2017-07-03T01:24:32+00:00 イベント 募集 広報 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、AJACSadvanced講習会を実施しています。その一つとして今回、農業生物におけるゲノム配列利用講習会を以下の日程にて行います。詳細は以下をご覧ください。 […] 関西医科大学との共同研究による論文が Scientific Reports 誌に掲載されました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3486 <p>当センターの坊農 秀雅 特任准教授が参加する研究グループによる論文 “HIF-1-mediated suppression of mitochondria electron transport chain function confers resistance to lidocaine-induced cell death” が Scientific Reports 誌に掲載されました。<br /> 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。<br /> <a target=_blank href="https://doi.org/10.1038/s41598-017-03980-7">https://doi.org/10.1038/s41598-017-03980-7</a><br /> &nbsp;<br /> Hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1) を人為的に活性化させることで細胞内のエネルギー・酸素代謝に関わる遺伝子群の発現状態を変化させ、細胞のエネルギー産生においてミトコンドリアへの依存度を低下させることにより局所麻酔薬によるミトコンドリアからの活性酸素の発生を抑制して細胞死を回避できることを示しました。局所麻酔薬の細胞障害の予防法の開発につながることが期待されます。DBCLSは、網羅的な遺伝子発現データ解析とその可視化といったドライ解析において貢献しています。<br /> 詳細は<a href="http://www.kmu.ac.jp/new/2671t8000001mfiu.html" target=_blank>関西医科大学のプレス発表</a>をご覧ください。<a href="http://www.kmu.ac.jp/media/2671t8000001l6t3-att/20170620Press_Release.pdf" target=_blank>プレス発表のPDF版はこちら</a>です。</p> hono 2017-06-20T01:41:06+00:00 広報 当センターの坊農 秀雅 特任准教授が参加する研究グループによる論文 “HIF-1-mediated suppression of mitochondria electron transport chain f […] 統合TVのYouTubeにおける動画再生回数が800,000回を超えました。 http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3477 <p><a href="http://togotv.dbcls.jp/ja/" target="_blank">統合TV</a>は、生命科学分野の有用なデータベース(DB)やツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。<br /> &nbsp;</p> <p>この統合TVは、DBCLSでのサービス開始(2007年7月)とほぼ同時に動画共有サイトYouTubeへも動画を投稿・公開してきました。<a href="https://www.youtube.com/togotv" target="_blank">(統合TV  YouTube チャンネル)</a><br /> このたびYouTube進出10周年を前に動画再生回数80万回を突破しました。<br /> &nbsp;<br /> <a href="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/06/DCQ94jSXsAEX6UK.jpg"><img src="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/06/DCQ94jSXsAEX6UK-864x1024.jpg" alt="" width="474" height="562" class="aligncenter size-large wp-image-3480" srcset="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/06/DCQ94jSXsAEX6UK-864x1024.jpg 864w, http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/06/DCQ94jSXsAEX6UK-253x300.jpg 253w, http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/06/DCQ94jSXsAEX6UK-768x910.jpg 768w, http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2017/06/DCQ94jSXsAEX6UK.jpg 1013w" sizes="(max-width: 474px) 100vw, 474px" /></a><br /> &nbsp;<br /> 多くの皆さまにご利用いただき、どうもありがとうございます。<br /> これまでの動画再生数のトップは、パワーポイントの図形描画機能でイラストをつくる方法を解説した動画でした。<a href="http://doi.org/10.7875/togotv.2011.060" target="_blank">http://doi.org/10.7875/togotv.2011.060</a><br /> &nbsp;</p> <p>ぜひご利用ください。</p> hono 2017-06-16T02:02:31+00:00 サービス 広報 統合TVは、生命科学分野の有用なデータベース(DB)やツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。   この統合TVは、DBCLSでのサービス開始(2007年7月)とほぼ同時に動画共有サイトYouTubeへ […] NBDC関連サービスを活用して得られた研究成果に関する情報提供のお願い http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3472 <p><a href="http://biosciencedbc.jp/" target="_blank">バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)</a>では、NBDCが提供、あるいはNBDCがファンドするサービス(DBCLSのサービスを含む)を活用して得られた研究成果に関する情報(論文情報等)の提供をお待ちしております。 我が国のデータベース環境整備事業継続のために、皆さまのデータベース利活用成果のフィードバックが大変重要です。</p> <p>&nbsp;</p> <p><a href="https://form.jst.go.jp/enquetes/nbdcexamples" target="_blank">NBDC関連サービスの活用に関する情報提供フォーム</a></p> <p>&nbsp;</p> <p>ご協力のほどどうぞよろしくお願い申し上げます。</p> hono 2017-06-12T07:26:11+00:00 サービス 募集 広報 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)では、NBDCが提供、あるいはNBDCがファンドするサービス(DBCLSのサービスを含む)を活用して得られた研究成果に関する情報(論文情報等)の提供をお待ちしております。 […] 不具合修正のお知らせ:蛋白質核酸酵素バックナンバー全文検索 http://lifesciencedb.jp/pne/ admin 2010-12-15T18:30:00+00:00 サービス 蛋白質核酸酵素の一部のPDFのファイルサイズが原因でFirefoxで閲覧できない不具合がありましたが、ファイルサイズを縮小して対応いたしました。また一部のPDFファイルの印刷制限を追加いたしました。利用者の皆様には大変ご迷惑をおかけいたしました。(2010年12月15日)