ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDB http://lifesciencedb.jp/ 2018-05-25T05:31:27+00:00 ja 文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイト。生命科学分野のデータベースカタログや横断検索、総説や特許、研究報告書の文献検索、ツール、バイオNLP、動画による教材、事業説明など。 国内版バイオハッカソン BH18.7 参加者募集および参加登録開始のご案内 http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3818 <p>2018年7月16日から7月20日にかけて、徳島にて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第9回 国内版バイオハッカソン BH18.7 を開催いたします。</p> <p>&nbsp;<br /> <a href="http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/BH18.7" target="_blank">国内版バイオハッカソン BH18.7</a><br /> &nbsp;</p> <h2>日程</h2> <ul> <li> 主催:<a href="http://dbcls.rois.ac.jp/" class="external text" rel="nofollow">ライフサイエンス統合データベースセンター</a> (DBCLS) </li> <li> 共催:<a href="http://ms-bio.info/" class="external text" rel="nofollow">質量分析インフォマティクス研究会</a> (JSBi公募研究会) </li> <li> 開催期間:2018年7月16日(月)〜7月20日(金) </li> <li> 開催場所:<a href="https://www.kanponoyado.japanpost.jp/tokushima/" class="external text" rel="nofollow">かんぽの宿徳島</a>(徳島市) <ul> <li> 徳島空港 -&gt; 徳島駅 <ul> <li> リムジンバス (28分、440円) <a href="http://www.tokushima-airport.co.jp/access/bus/limousine/" class="external text" rel="nofollow">時刻表</a> </li> </ul> </li> <li> 徳島駅 -&gt; かんぽの宿 <ul> <li> 送迎バス <a href="https://www.kanponoyado.japanpost.jp/tokushima/access/" class="external text" rel="nofollow">時刻表</a> </li> <li> ロープウェイ (610円) <a href="https://www.city.tokushima.tokushima.jp/kankou/keikan/bizan.html" class="external text" rel="nofollow">運転時間</a> (駅からロープウェイまで徒歩10分、または路線バス2分。ロープウェイから宿まで徒歩15-20分、長い階段あり) </li> <li> タクシー (市内から20分、2,000円前後) </li> <li> 登山コース <a href="https://booleestreet.net/wp-content/uploads/2011/06/bizan-hiking-map.jpg" class="external text" rel="nofollow">マップ</a> </li> </ul> </li> </ul> </li> </ul> <h2>参加申し込み</h2> <p>ハッカソンの参加費は無料ですが、会場準備の都合上、下記のページから参加登録をお願いいたします。質問事項等ありましたら、オーガナイザー bh18.7@biohackathon.org 宛にご相談下さい。<br /> なお、今回は質量分析インフォマティクス研究会のハッカソンと共催となり、こちらの参加登録も下記のフォームから受け付けています。 </p> <ul> <li> BH18.7 参加登録フォーム → <a href="https://tinyurl.com/bh18-7-regist" class="external free" rel="nofollow">https://tinyurl.com/bh18-7-regist</a> <li> 6/30 〆切予定</li> </ul> <h2>開催趣旨</h2> <p><a href="http://dbcls.rois.ac.jp/" class="external text" rel="nofollow">DBCLS</a> では、ライフサイエンスのデータベース統合についての技術開発を支援・最新技術の情報共有・実務者間での交流を促進するため、これまで10回の<a href="http://biohackathon.org/" class="external text" rel="nofollow">国際版 BioHackathon</a> と8回の国内版バイオハッカソン <a href="/mw/BH10.10" title="BH10.10">BH10.10</a>, <a href="/mw/BH11.11" title="BH11.11">BH11.11</a>, <a href="/mw/BH12.12" title="BH12.12">BH12.12</a>, <a href="/mw/BH13.13" title="BH13.13">BH13.13</a>, <a href="/mw/BH14.14" title="BH14.14">BH14.14</a>, <a href="/mw/BH15.15" title="BH15.15">BH15.15</a>, <a href="/mw/BH16.12" title="BH16.12">BH16.12</a>, <a href="/mw/BH17.11" title="BH17.11">BH17.11</a>を開催してまいりました。<a href="http://biosciencedbc.jp/" class="external text" rel="nofollow">NBDC</a> の <a href="http://biosciencedbc.jp/tec-dev-prog/funding-program" class="external text" rel="nofollow">統合化推進プログラム</a>に参画されている各機関においても様々なデータベースを構築してきて頂いています。その成果の一部は、<a href="http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon" class="external text" rel="nofollow">SPARQLthon</a> などを通じてセマンティック・ウェブに対応した RDF 形式によって統合され、<a href="http://integbio.jp/rdf/" class="external text" rel="nofollow">NBDC RDF Portal</a> からリリースされています。また、海外においても UniProt や BioModels, BioSamples, ChEMBL, Expression Atlas, Reactome などの各種データベースが <a href="http://www.ebi.ac.uk/rdf/" class="external text" rel="nofollow">EBI RDF Platform</a> から、Ensembl も <a href="http://www.ensembl.info/blog/2015/12/08/ensembl-83-has-been-released/" class="external text" rel="nofollow">リリース83</a> から RDF でのデータ提供が行われており、NCBI からも <a href="http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rdf/" class="external text" rel="nofollow">PubChem</a> などの RDF が提供されるようになってきています。これらの RDF データは既存のものに比べて分野横断的な統合が容易になっていますが、今後より多くのデータを統合し、アプリケーション開発などによってその活用を推進していくためには、さらなる情報共有と技術開発を継続する必要があると考えられます。 </p> <p>一方、バイオインフォマティクスにおけるデータベースの利活用は目的も手法も多岐にわたります。このため、国内版バイオハッカソンのテーマについては上記に挙げられた DBCLS や NBDC の統合化推進プログラムで進められているセマンティック・ウェブによるデータベース統合に限らず、国内の生命情報学系の研究者間で共にディスカッションやソフトウェア開発が促進できるものであれば全て国内版バイオハッカソンのスコープに入ると考えられます。また、民間の方からもぜひ、公共データの社内での活用や情報統合の課題、産学連携で開発・利用できそうな研究課題やソフトウェア技術など、バイオ寄りからインフォ寄りまで議論・開発のネタを自由に持ち込んで頂ければと思います。 </p> <p>国内版バイオハッカソンは、これからのライフサイエンスを支える技術開発に興味のある方々に自由にご参加いただき、活発な議論と開発を進めて頂くインキュベーションの場となればと考えています。</p> Hiromasa Ono 2018-05-25T05:31:27+00:00 イベント 広報 2018年7月16日から7月20日にかけて、徳島にて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第9回 国内版バイオハッカソン BH18.7 を開催いたします。   国内版バイオハ […] 統合データベース講習会:AJACS越後(2018年6月26-27日)の参加者募集中です http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3812 <p>新潟大学理学部マルチメディア教室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催、DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。<br /> 現在参加者募集中です。 (申込締切:2018年6月18日(月)まで)</p> <p>&nbsp;</p> <p> 今回の講習会では、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方、NBDCヒトデータベースの紹介に加えて、ゲノムデータベース、ゲノムアノテーション、文献データベース、配列解析、遺伝子発現データベース、遺伝子発現解析ツール、パスウェイデータベースについて紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。<br /> &nbsp;</p> <p>DBCLSからは、箕輪 真理、山本 泰智、内藤 雄樹、小野 浩雅 が講師として参加します。</p> <p>&nbsp;</p> <p>プログラムの詳細ならびにお申し込みは <a href="http://events.biosciencedbc.jp/training/ajacs69" title="AJACS越後のページ" target="_blank">AJACS越後のページ</a>をご覧ください。</p> Hiromasa Ono 2018-05-25T02:10:40+00:00 イベント 広報 新潟大学理学部マルチメディア教室 にてバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 主催、DBCLS共催による統合データベース講習会が開催されます。 現在参加者募集中です。 (申込締切:2018年6月18日(月)ま […] 統合TVのYouTubeにおける動画再生回数が100万回を突破しました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3793 <p><a href="http://togotv.dbcls.jp/ja/" target="_blank">統合TV</a>は、生命科学分野の有用なデータベース(DB)やツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。<br /> &nbsp;</p> <p>この統合TVは、DBCLSでのサービス開始(2007年7月)とほぼ同時に動画共有サイトYouTubeへも動画を投稿・公開してきました。<a href="https://www.youtube.com/togotv" target="_blank">(統合TV YouTube チャンネル)</a><br /> このたびサービス公開以来、約10年と7ヶ月で動画再生回数が、100万回を突破しました。<br /> &nbsp;<br /> <img src="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/04/ss-2018-04-02-13.42.37-1024x844.png" alt="" width="474" height="391" class="aligncenter size-large wp-image-3795" srcset="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/04/ss-2018-04-02-13.42.37-1024x844.png 1024w, http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/04/ss-2018-04-02-13.42.37-300x247.png 300w, http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/04/ss-2018-04-02-13.42.37-768x633.png 768w" sizes="(max-width: 474px) 100vw, 474px" /><br /> &nbsp;<br /> 直近の2018年第1四半期(1月〜3月)では、月間再生数が2万回超えを記録するなど、多くの皆さまにご利用いただいており、どうもありがとうございます。<br /> また、これまで公開した動画は1,423本を数えますが、再生数のトップ25動画は下記のとおりです。<br /> &nbsp;<br /> <img src="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/04/ss-2018-04-02-13.48.09-1024x937.png" alt="" width="474" height="434" class="aligncenter size-large wp-image-3796" srcset="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/04/ss-2018-04-02-13.48.09-1024x937.png 1024w, http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/04/ss-2018-04-02-13.48.09-300x274.png 300w, http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/04/ss-2018-04-02-13.48.09-768x703.png 768w" sizes="(max-width: 474px) 100vw, 474px" /><br /> &nbsp;</p> <p>4月以降、研究室に配属となる新人の方の教育用素材としても、ぜひご活用ください。</p> Hiromasa Ono 2018-04-02T04:58:20+00:00 サービス 広報 統合TVは、生命科学分野の有用なデータベース(DB)やツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。   この統合TVは、DBCLSでのサービス開始(2007年7月)とほぼ同時に動画共有サイトYouTubeへ […] 新しいがん細胞初代培養系を用いて大腸がんの3次元構造破壊が悪性表現型を促進することを示した論文が Oncotarget誌に掲載されました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3779 <p>当センターの坊農 秀雅 特任准教授と小野 浩雅 特任助教が参加する、<a href="http://www.mc.pref.osaka.jp/">大阪国際がんセンター</a> <a href="http://www.mc.pref.osaka.jp/en/department/biochem/member_md.html">井上 正宏</a> 部長を中心とした研究グループによる論文 “Promotion of malignant phenotype after disruption of the three-dimensional structure of cultured spheroids from colorectal cancer” が Oncotarget誌に掲載されました。<br /> 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。<br /> <a target=_blank href="https://doi.org/10.18632/oncotarget.24641">https://doi.org/10.18632/oncotarget.24641</a><br /> &nbsp;<br /> 純度の高い患者がん組織由来がん細胞塊を高効率に得る新たな培養法(Cancer Tissue-Originated Spheroid(CTOS)法)を用いて、大腸がん由来の培養スフェロイドでその三次元構造が破壊されることによって悪性表現型が促進することを示した論文です。DBCLSは、公共データベースから大腸がんのマイクロアレイデータおよびそれに付随した予後に関するメタデータを収集・解析した上で、研究チームが見出した大腸がん由来培養スフェロイドの3次元構造破壊後で高発現する遺伝子リストをもとに階層的クラスタリングや生存率解析等の比較解析を行い、効率的な標的遺伝子の絞込みに貢献しています。</p> Hiromasa Ono 2018-03-26T00:03:38+00:00 広報 当センターの坊農 秀雅 特任准教授と小野 浩雅 特任助教が参加する、大阪国際がんセンター 井上 正宏 部長を中心とした研究グループによる論文 “Promotion of malignant phenotype […] ソメイヨシノの花びらに付着した環境DNAの分析を報告する論文が出版されました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3770 <p>当センターの大田達郎特任研究員と川島秀一特任助教が著者として貢献した論文「Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry <em>Cerasus × yedoensis</em> ‘Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago」が Journal of Plant Research 誌に掲載されました。<br /> &nbsp;<br /> 論文は下記 URL からご覧いただけます。<br /> <a href="https://doi.org/10.1007/s10265-018-1017-x" rel="noopener" target="_blank">https://doi.org/10.1007/s10265-018-1017-x</a><br /> &nbsp;<br /> Nature Springer 社の提供するサービス SharedIt によって、当該誌を購読されていない方でも以下のURLから全文を読むことができます。<br /> <a href="http://rdcu.be/HmdX" rel="noopener" target="_blank">http://rdcu.be/HmdX</a><br /> &nbsp;<br /> 本論文はDNAシーケンシング技術の共有を目的とする研究会「NGS現場の会」の第四回研究会の企画によるものです。<br /> &nbsp;<br /> 論文の詳細については国立遺伝学研究所ウェブサイトに掲載されている<a href="https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/03/research-highlights_ja/20180312-3.html" rel="noopener" target="_blank">リサーチハイライト</a>をご覧ください。</p> dbcls_website_admin 2018-03-22T01:42:40+00:00 広報 当センターの大田達郎特任研究員と川島秀一特任助教が著者として貢献した論文「Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering […] カイコモデル系を用いてヒト薬物吸収性を評価した論文が Drug Discoveries & Therapeutics誌に掲載されました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3777 <p>当センターの坊農 秀雅 特任准教授と仲里 猛留 特任助教が参加する、<a href="http://www.tuat.ac.jp/">東京農工大学</a>の天竺桂弘子講師を中心とした研究グループによる論文 “Construction of a simple evaluation system for the intestinal absorption of an orally administered medicine using Bombyx mori larvae” が Drug Discoveries & Therapeutics誌に掲載されました。<br /> 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。<br /> <a target=_blank href="https://doi.org/10.5582/ddt.2018.01004">https://doi.org/10.5582/ddt.2018.01004</a><br /> &nbsp;<br /> カイコ(<i>Bombyx mori</i>)モデル系を用いてヒト薬物吸収性を評価した論文です。DBCLSは、カイコ中腸のRNA-seqデータを解析した上で、ヒト遺伝子群との比較配列解析を行いました。また、遺伝子発現解析の基準となる各遺伝子の遺伝子発現量を簡単に検索・閲覧できるウェブツール<a target=_blank href="http://refex.dbcls.jp/">RefEx</a>に整備した<a target=_blank href="http://fantom.gsc.riken.jp/5/">理化学研究所FANTOM5プロジェクト</a>由来のヒト小腸とhuman colon carcinoma cell line (Caco-2)の遺伝子発現プロファイルとの比較トランスクリプトーム解析も担当し、公共データベースの再利用によるデータ解析において大きく貢献しています。<br /> &nbsp;<br /> 本研究は、国立遺伝学研究所が有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用し、また国立遺伝学研究所公募型共同研究(NIG-JOINT: 2014-A171 & 2015-A155)の支援を受けました。</p> Hiromasa Ono 2018-03-22T01:42:19+00:00 広報 当センターの坊農 秀雅 特任准教授と仲里 猛留 特任助教が参加する、東京農工大学の天竺桂弘子講師を中心とした研究グループによる論文 “Construction of a simple evaluation s […] RDFデータベース提供者と利用者の間の情報共有を促進するサービスYummyDataに関する論文が出版されました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3763 <p>当センターの山本泰智特任准教授と山口敦子准教授、そしてNovartis Institutes for Biomedical Researchに勤務するAndrea Splendiani氏による論文、「YummyData: providing high-quality open life science data」がDatabase誌に掲載されました。<br /> 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。<br /> <a target=_blank href="https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/bay022/4925801">https://doi.org/10.1093/database/bay022</a><br /> &nbsp;<br /> 現在、生命科学分野においても多くのRDFデータがSPARQLエンドポイントを経由してアクセスできるようになりつつありますが、どこに、どのようなデータが収められ、そしてどの程度安定して動作しているのか、などの情報が不足しています。また、データベース提供者においては自身のデータがより多く利用されるために必要なメタデータの構築や設置方法について必ずしも熟知しているとは限りません。そこで、データベース提供者と利用者の間の情報共有を促進して以上の問題を解決するきっかけになれるように、様々な評価軸で各エンドポイントを調査し、その結果を公表するサービスが<a href="http://yummydata.org/" target="_blank">YummyData</a>です。<br /> この研究は、バイオハッカソンにおいて議論が始まり、国際的な共同作業を通じて行われています。今後とも生命科学分野におけるデータベースの利用環境をより良くできるようなサービスの開発を進めていきます。</p> Hiromasa Ono 2018-03-14T01:00:27+00:00 サービス 広報 当センターの山本泰智特任准教授と山口敦子准教授、そしてNovartis Institutes for Biomedical Researchに勤務するAndrea Splendiani氏による論文、「YummyData: […] 希少疾患診断支援システム「PubCaseFinder」がMedical Tribune誌で紹介されました http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3742 <p>当センターが開発する、<a href="https://pubcasefinder.dbcls.jp/" target="_blank">PubCaseFinder</a>がこの度、Medical Tribune誌およびそのウェブ媒体で紹介されました。「世界希少・難治性疾患の日(Rare Disease Day)」に関する企画記事において、患者の症状を入力するだけで、関連する希少・難治性疾患の候補を可能性が高い順に自動的にリストアップしてくれる医療者向け無料検索システムとして紹介されています。Medical Tribune誌のご厚意により掲載された<a href="http://dbcls.rois.ac.jp/wp-content/uploads/2018/02/180227_PCF_web_article.pdf" target="_blank">記事を添付</a>しましたので、ぜひご一読ください。</a></p> <p>なお、ウェブ記事は、下記URLからご覧いただけます(閲覧には無料の会員登録が必要です)。<br /> <a href="https://medical-tribune.co.jp/news/2018/0223513069/" target="_blank">https://medical-tribune.co.jp/news/2018/0223513069/</p> Hiromasa Ono 2018-02-27T06:09:13+00:00 サービス 広報 当センターが開発する、PubCaseFinderがこの度、Medical Tribune誌およびそのウェブ媒体で紹介されました。「世界希少・難治性疾患の日(Rare Disease Day)」に関する企画記事において、患 […] 2018年度「統合データベース講習会:AJACS」受入れ機関の募集が開始されました。 http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3738 <p><a href="http://dbcls.rois.ac.jp/" target="_blank">DBCLS</a>のメンバーも講習会講師として多数参加している「統合データベース講習会」の2018年度の開催について、現在、<a href="http://biosciencedbc.jp/" target="_blank">科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)</a>にて、開催機関が募集されています。</p> <p>&nbsp;</p> <p>「統合データベース講習会」は、生命科学系のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。参加者は、それぞれPCを触りながらハンズオンで、データベースやツールの使い方について学びます (講習会の詳細は<a href="http://events.biosciencedbc.jp/training/application/faq" target="_blank">こちら</a>をご覧ください)。「統合データベース講習会」は、2007年度から全国各地の大学や研究機関などで開催されています (過去の開催実績は<a href="http://events.biosciencedbc.jp/training/application/archives" target="_blank">こちら</a>をご覧ください)。</p> <p>&nbsp;</p> <ul> 【募集期間】  2018年2月26日(月)14:00 ~ 3月22日(木)14:00 まで</p> <p>【募集件数】  数件</p> <p>【応募方法】  こちらの <a href="https://form.jst.go.jp/enquetes/ajacs2018_application" target="_blank">応募フォーム</a> からお申し込み下さい</p> <p>【費用負担】  講習会の開催に必要な費用(講師の旅費や謝礼)は、NBDCで負担します。<br />         詳細は<a href="https://events.biosciencedbc.jp/training/application/faq#16" target="_blank">こちら</a>をご覧下さい。</p> <p>【お問い合わせ】 <a href="http://events.biosciencedbc.jp/training/application/contactus" target="_blank">「統合データベース講習会」事務局</a> </ul> Hiromasa Ono 2018-02-27T01:10:39+00:00 イベント 募集 広報 DBCLSのメンバーも講習会講師として多数参加している「統合データベース講習会」の2018年度の開催について、現在、科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)にて、開催機関が募集されています。 &n […] サービス一時停止のお知らせ <2018年3月9日(金) 17:00 〜 2018年3月12日(月) 9:00> http://dbcls.rois.ac.jp/archives/3733 <p>DBCLSが管理しているサーバのシステムメンテナンスの影響により、<br /> &nbsp;<br /> 2018年 3月9日(金) 17:00 ~ 2018年 3月12日(月) 9:00 (最長)<br /> &nbsp;<br /> の間、一部サービスがご利用いただけません。ご不便をおかけしますが、ご理解の程どうぞよろしくお願いいたします。<br /> &nbsp;</p> Hiromasa Ono 2018-02-26T01:03:40+00:00 サービス DBCLSが管理しているサーバのシステムメンテナンスの影響により、   2018年 3月9日(金) 17:00 ~ 2018年 3月12日(月) 9:00 (最長)   の間、一部サービスがご利用いた […] 不具合修正のお知らせ:蛋白質核酸酵素バックナンバー全文検索 http://lifesciencedb.jp/pne/ admin 2010-12-15T18:30:00+00:00 サービス 蛋白質核酸酵素の一部のPDFのファイルサイズが原因でFirefoxで閲覧できない不具合がありましたが、ファイルサイズを縮小して対応いたしました。また一部のPDFファイルの印刷制限を追加いたしました。利用者の皆様には大変ご迷惑をおかけいたしました。(2010年12月15日)