Anatomography Web API サンプルコード - Perl - Choropleth Map作成

はじめに

半透明の全身像および外部ファイルから読み込んだ臓器およびその値を反映した画像を生成します。

サンプルコード

出力先ファイルは適宜変更して下さい。 

#!/usr/bin/env perl
use strict;
use LWP::UserAgent;

# リクエスト先URL
my $serverURL = "http://lifesciencedb.jp/bp3d/API/";

# 描画リクエスト用のJSON文字列を作成
my $json = <<JSON;
{
	"Common":{
		"Model":"bp3d",
		"Version":"2.0",
		"TreeName":"partof",
		"ColorbarFlag":true,
		"ScalarColorFlag":true,
		"ScalarMaximum":null,
		"ScalarMinimum":null
	},
	"Part":[
		{
			"PartName":"human body",
			"PartOpacity":0.1
		}
JSON
# 外部ファイルを読み込んでパーツとして追加していきます
open LIST,"scalardata.txt";
while (<LIST>) {
	my ($organ, $value) = split("\t", $_);
	$json .= <<JSON;
		,{
			"PartName":"$organ",
			"PartScalar":$value,
			"ScalarColorFlag":true
		}
JSON
}
close LIST;
$json .= <<JSON;
	]
}
JSON

# 出力
open OUT, ">choropleth.png";
binmode(OUT);
print OUT  &getImage($json);	# 作成したJSONを利用して描画リクエスト
close OUT;

# 生成したJSONをパラメータとしてimageに対してGETリクエストするサブルーチン
sub getImage () {
	my $json = shift;
	my $userAgent = LWP::UserAgent->new;
	my $request = HTTP::Request->new('GET', $serverURL."image?".$json);
	my $response = $userAgent->request($request);
	return $response->content;
}

外部ファイル（heatmap.txt）の内容 
esophagus	9405
stomach	32851
rectum	8530
liver	23421
gallbladder	7476
pancreas	11933
trachea	43921
prostate	8840
urinary bladder	3817

出力画像
以下、各ステップに関する説明です。

共通項目の設定

my $json = <<JSON;
{
	"Common":{
		"Model":"bp3d",
		"Version":"2.0",
		"TreeName":"partof",
		"ColorbarFlag":true,
		"ScalarColorFlag":true,
		"ScalarMaximum":null,
		"ScalarMinimum":null
	},
共通項目の設定をしています。
臓器モデルとして"bp3d"、バージョンとして"2.0"を指定しています。
"ScalarColorFlag"をtrueにすることで臓器に設定した値を描画色に反映することが可能です。
"ScalarMaximum"および"ScalarMinimum"にnullを指定することで、入力パーツの最大値を上限値、最小値を下限値とすることが可能です。

臓器値の読込と設定

# 外部ファイルを読み込んでパーツとして追加していきます
open LIST,"heatmap.txt";
while () {
	my ($organ, $value) = split("\t", $_);
	$json .= <<JSON;
		,{
			"PartName":"$organ",
			"PartScalar":$value,
			"ScalarColorFlag":true
		}
JSON
}
外部ファイル（heatmap.txt）を開き、1行ごとに

臓器名1　[タブ]　値1
臓器名2　[タブ]　値3
・・・
臓器名N　[タブ]　値N

という形式で記載されている情報を読み込み、JSONにパーツとして追加していきます。