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Anatomography map API configuration
Common configuration category
バージョン、ツリーなどのリクエスト全体に共通のconfiguration parameter群を設定します。
Configuration parameter
"Common" categoryには以下のパラメータが存在します。
Configuration category |
デフォルト値 |
説明 |
指定可能な値 |
"Common":{ |
|
|
パラメータの連想配列 |
"Model": |
"bp3d" |
キット(3Dモデル)名 |
"bp3d" |
"Version": |
(リクエスト時の最新版) |
3Dデータのバージョン。未指定の場合には最新版が自動選択されます。 |
"2.0"|"3.0"|"4.0"|"4.1" |
"AnatomogramVersion": |
"20110318" |
パラメータ記載文法のバージョン |
"20110318" |
"ScalarMaximum": |
65535 |
Choropleth Mapの最大値 |
ScalarMinimumより大きい任意の整数 |
"ScalarMinimum": |
-65535 |
Choropleth Mapの最小値 |
ScalarMaximumより小さい任意の整数 |
"ColorbarFlag": |
false |
Choropleth Mapのカラーチャートバーの表示有無 |
true|false |
"ScalarColorFlag": |
false |
フラグをtrueにしたパーツをChoropleth Map表示 |
true|false |
"TreeName": |
"isa" |
パーツデータ組合せに利用するFMAツリーを指定します |
"isa"|"partof" |
"DateTime": |
(none) |
configuration作成時のタイムスタンプ |
"YYYYMMDDhhmmss" |
"CoordinateSystemName": |
"bp3d" |
3Dモデル空間名 |
"bp3d" |
"CopyrightType": |
"" |
DBCLSのコピーライトを画像中に描画するサイズ(未指定の場合には描画しません) |
""|"large"|"medium"|"small" |
"PinDescriptionDrawFlag": |
false |
画像へのピン説明の描画有無 |
true|false |
"PinIndicationLineDrawFlag": |
0 |
ピンとピン説明の間に描画する線の設定(1:ピン先端、2:ピン終端、0:線無し) |
0|1|2 |
} |
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パラメータの使用例
バージョンを指定する("Version"パラメータ)
"Common"カテゴリの"Version"パラメータが未指定の場合には、自動的にリクエスト時の最新バージョンが選択されます。
そのため、バージョンを指定せずにmap APIを利用している場合、新たなバージョンが公開された時点で、得られる情報が変わってしまう場合があります。
この問題を防ぐためには、明示的にバージョンを指定して、map APIのconfiguration parameterを構築する必要があります。
・バージョンを指定しない場合
・バージョンを指定した場合("Version"パラメータを明示的"4.1"に指定)
Choropleth Mapを作成する("ScalarColorFlag"、"ScalarMaximum"、"ScalarMinimum"、"ColorbarFlag"パラメータ)
"Common"カテゴリの"ScalarColorFlag"パラメータをtrueに指定すると、各パーツに設定された"PartScalar"の値に応じたChoropleth Mapで描画することができるようになります。
Choropleth Map表示をするには、"Part"カテゴリの"PartScalar"および"ScalarColorFlag"パラメータも同時に設定する必要があります。
例えば、下記のようなデータがある場合、
Parts Name |
Value |
Stomach |
10000 |
Pancreas |
42000 |
Gallbladder |
481 |
Right kidney |
-1589 |
Left kidney |
-20000 |
全てのパーツをChoropleth Map表示する場合には、"Part"カテゴリのJSONは下記のような構成になります。
"Part":[
{"PartName":"Stomach","PartScalar":10000,"ScalarColorFlag":true},
{"PartName":"Pancreas","PartScalar":42000,"ScalarColorFlag":true},
{"PartName":"Gallbladder","PartScalar":481,"ScalarColorFlag":true},
{"PartName":"Right kidney","PartScalar":-1589,"ScalarColorFlag":true},
{"PartName":"Left kidney","PartScalar":-20000,"ScalarColorFlag":true}
]
このパラメータを"Common"カテゴリの"ScalarColorFlag"をtrueにしたmap API URLに埋め込みます。
http://lifesciencedb.jp/bp3d/API/image?{"Common":{"ScalarColorFlag":true},"Part":[{"PartName":"Stomach","PartScalar":10000,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Pancreas","PartScalar":42000,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Gallbladder","PartScalar":481,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Right kidney","PartScalar":-1589,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Left kidney","PartScalar":-20000,"ScalarColorFlag":true}]}
※"PartName"はFMA Preferred Nameを指定する必要があります。ここでは説明上"PartName"パラメータを利用していますが、あらかじめFMA IDに置き換えて"PartID"と指定することで、確実な対応付けを行うことが推奨されます。
Choropleth Mapは直感的な色温度を利用していますが、明示的にカラーチャートを表示したい場合には、"ColorbarFlag"をtrueにすることで画像中にカラーチャートを埋め込むことができます。
http://lifesciencedb.jp/bp3d/API/image?{"Common":{"ScalarColorFlag":true,"ColorbarFlag":true},"Part":[{"PartName":"Stomach","PartScalar":10000,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Pancreas","PartScalar":42000,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Gallbladder","PartScalar":481,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Right kidney","PartScalar":-1589,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Left kidney","PartScalar":-20000,"ScalarColorFlag":true}]}
Choropleth Mapの上限値、下限値を未指定の場合、-65535~65535の範囲に設定されます。負数をとらない、上限値がもっと小さい、といったデータをChoropleth Map表示する場合には、データの特性に合わせて、明示的に上限値、下限値の設定を追加して下さい。範囲を超える値は、上限値もしくは下限値の色と同じになります。
上記のconfigurationに対して、下限値0、上限値50000に設定する記述を追加すると下記にようになります。
http://lifesciencedb.jp/bp3d/API/image?{"Common":{"ScalarColorFlag":true,"ColorbarFlag":true,"ScalarMaximum":50000,"ScalarMinimum":0},"Part":[{"PartName":"Stomach","PartScalar":10000,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Pancreas","PartScalar":42000,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Gallbladder","PartScalar":481,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Right kidney","PartScalar":-1589,"ScalarColorFlag":true},{"PartName":"Left kidney","PartScalar":-20000,"ScalarColorFlag":true}]}
Treeを指定する("TreeName"パラメータ)
"Common"カテゴリの"TreeName"パラメータにより、BodyParts3Dが持つ三次元構造モデルデータの組合せを変更することができます。
未指定時にはFMAの"IS-A"ツリーを優先的に利用して構築したモデルが描画されます("IS-A"ツリーで描画できないものは"PART-OF"ツリーで補完しています)。
"IS-A"ツリーにも"PART-OF"ツリーにも含まれている概念で、構造が異なるパーツが一部存在しているため、"PART-OF"ツリーを優先的に利用して構築したモデルを描画する場合には、明示的にツリーの種類を指定する必要があります。
例えば、バージョン4.1の"FMA7198"(Pancreas)は"IS-A"ツリーでは子要素となるモデルを持たず、"PART-OF"ツリーでは子要素となるモデルを持っています。以下に"TreeName"を"isa"に指定した場合と"partof"に指定sちあ"FMA7198"のURLを示します。(内部構造が見やすいように"PartOpacity"の値を0.4に指定しています)
・IS-Aツリー優先
・PART-OFツリー優先
※同一リクエストにおいて"isa"と"partof"の両方を利用することはできません。
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